一、免疫效力高
国际兽疫局的规定，合格的猪口蹄疫疫苗应具有3个PD50/头份，而中国目前制备猪O型口蹄疫合成肽疫苗每头份疫苗抗原含量大于3个PD50，据中国兽医药品监察所检验报告显示，目前我区使用的各批号的猪O型口蹄疫合成肽疫苗抗原含量大于10PD50/头份，远超过国际标准。根据疫苗厂家效力实验表明，一次免疫猪O型口蹄疫合成肽疫苗后的第6个月，依然能抵抗200MID/头OR/80MF8强毒的攻击，达到100%保护，在首免的28D后再加强免疫1次，免疫后8个月的攻毒试验对猪群依然具有很强的保护，保护率达到100%。这也证明了猪O型口蹄疫合成肽疫苗具有良好的免疫效力，优于灭活疫苗。
二、免疫持续期长
猪免疫猪O型口蹄疫合成肽疫苗后，采用VP1-ELISA试验进行免疫持续期进行检测，21天70%以上的样品呈阳性，二免后2周100%呈阳性，而且抗体水平普遍很高；二免后1个月、2个月、3个月、4个月直至猪只出栏，采血检测免疫抗体时，抗体阳性率均维持在一个较高的范围内。由此说明，加强免疫合成肽疫苗后免疫抗体阳性率较灭活疫苗有大幅度的提高，同时证明免疫持续期较灭活疫苗长。在我国采取一年春秋两次防疫方式前提下，对猪O型口蹄疫的防控显得意义重大。
三、疫苗制备抗原的广谱性
猪O型口蹄疫合成肽疫苗设计的抗原序列覆盖了众多O型毒株的抗原位点序列，因此，抗原位点具有更宽的广谱性，可以有效抵抗多种流行O型毒株的侵袭。我国兽医工作者曾用猪O型口蹄疫流行毒OR/80MF8毒株、OGD/95MF8毒株和OS/99MF8毒株攻击用猪O型口蹄疫合成肽疫苗的免疫猪只，试验结果表明，该疫苗对OGD/95MF8毒株和OS/99MF8毒株都有很好的保护性，保护率分别为100%（5/5）和80%（4/5），而且对OR/80MF8毒株具有抗同居感染的能力（5/5保护）。
四、免疫抗体水平与保护力之间存在相关性
虽然灭活疫苗免疫后抗体水平与保护力之间有一定的相关性，但这一关系并不十分明确。临床试验证明，免疫灭活疫苗后，检测出免疫抗体并不一定存在保护力，检测不出免疫抗体也可以产生一定的保护力，这是目前猪O型口蹄疫防控过程中的一个难点，不能对灭活疫苗免疫质量进行有效的评价，这可能是由于口蹄疫的免疫机制中除体液免疫外，细胞免疫也是很重要的一部分的原因造成的。通过相关疫苗厂家的免疫后的攻毒实验表明，免疫猪O型口蹄疫合成肽疫苗后免疫抗体在≥25范围内，对强毒攻击的保护率达到了95%以上，因此可以通过抗体检测评价免疫密度和免疫质量。
五、疫苗免疫抗与感染抗体易鉴别
我国目前口蹄疫防控形势复杂，鉴别诊断免疫抗体与感染抗体（NS抗体）已成为防控工作中重要的一项内容。采用猪O型口蹄疫合成肽疫苗防控口蹄疫过程中，由于疫苗采用VPl中的一段多肽作为抗原，不含NS蛋白，其产生的免疫抗体不会与NS蛋白产生的抗体相混淆，因此在检测过程中对野毒感染产生的NS抗体不构成影响，采用口蹄疫NS（3ABC）ELISA试验即可将免疫抗体与感染抗体区分开来。
六、过敏反应低
猪O型口蹄疫灭活疫苗免疫后经常出现食欲减退、呕吐、体温升高等不良反应，有时还可引起怀孕母猪接种后流产、早产等情况出现，出现过敏反应的直接原因是全病毒疫苗由于生产工艺及佐剂等多种因素的影响，疫苗中存在着细胞碎片、血清等异体蛋白，机体对其产生的变态反应所致。而猪O型口蹄疫合成肽疫苗抗原不是采用灭活的口蹄疫全病毒，生产过程中不需要灭活剂灭活，而是使用纯度高的化学合成肽作为抗原，是一种单一的抗原，不存在细胞碎片、血清等异体蛋白，能有效避免异体蛋白引发的过敏反应。临床也证明了注射猪O型合成肽疫苗后的免疫猪较灭活疫苗免疫产生的过敏反应低。
七、疫苗质量稳定
灭活疫苗在制备的过程中，无法消除酶的影响，导致疫苗中的病毒逐渐裂解，免疫效力逐步降低，随疫苗存放时间的延长而免疫原性大幅下降。而制备合成肽疫苗抗原的合成及细胞位点的结合均采用世界上先进的数控技术，抗原含量精确而且稳定，消除了酶对疫苗的影响。根据疫苗厂家稳定性实验表明，在2℃～8℃条件下保存12个月后，按标准剂量对猪实施免疫，28D后，可以抵抗200MID强毒的攻击，保护率高达100%。从而表明猪O型合成肽疫苗较灭活疫苗质量稳定。
虽然猪O型口蹄疫合成肽疫苗克服了灭活疫苗的一些缺陷，具有灭活疫苗不可比拟的优点。但也存在一些不足，比如缺乏天然蛋白质的三维结构，分子量小，无法获得足够的免疫原性，很难如蛋白质抗原那样诱导机体的多种免疫反应，且肽疫苗的半衰期短，同时缺乏足够多的B细胞抗原表位的刺激，B细胞和T细胞抗原表位很难发挥协同作用。但是，随着生物技术的不断发展，人们对口蹄疫病毒特性、免疫应答机制会有更深一步的认识，猪口蹄疫合成肽疫苗必将还会有所突破，更加完善，为我国口蹄疫的防制工作提供保障。
