首先更正一点，朱祁镇和朱祁钰都不是孙太后的亲儿子，但朱祁镇是由孙太后抚养长大，所以孙太后对朱祁镇的感情更好一些，而且朱祁钰改立太子引孙太后不满，后朱祁钰儿子夭折后，大臣放弃了朱祁钰，所以当朱祁镇发动“夺门之变” 时，孙太后就坚定地站在了朱祁镇这一边。
一、与朱祁钰相比，孙太后与朱祁镇的感情更深厚
朱祁镇的生母是一个没有在史书上留下姓名的宫女，后来这个宫女病逝后，才几个月大的朱祁镇就被送给了孙皇后抚养，而孙皇后并没有亲生儿子，朱祁镇作为其养子有巩固自己地位的作用，所以孙皇后格外疼爱朱祁镇，而朱祁镇幼年丧母，对将自己抚养大的孙皇后也视作亲母，但朱祁钰的母亲是吴贤妃，朱祁钰再孝顺孙太后，都不可能和孙太后有朱祁镇那样的母子感情，在感情的天秤上，孙太后肯定倾斜在朱祁镇这边的。
二、朱祁钰不顾和孙太后的约定，私废太子朱见深引孙太后不满
土木堡之变中朱祁镇被瓦刺俘虏，明王朝处于风雨飘摇之际，稍有不慎就可能亡国，所以当大臣们提议让朱祁钰即位时，孙太后顾全大局，还是点头同意了，但是却有一个条件，就是太子之位必须由朱祁镇的儿子朱见深来坐，朱祁钰一开始也是同意的。
在孙太后的支持下，朱祁钰重用于谦力挽狂澜打赢了北京保卫战，从这点上来说，朱祁钰对明王朝是有大功劳的，所以当朱祁镇从瓦刺回来，朱祁钰不肯交出皇位，孙太后都能理解，但朱祁钰违背了当初两人的约定，私自废了朱祁镇的儿子朱见深的太子之位，改立自己的儿子朱见济为太子，孙太后的心中就大有不满了。
三、朱祁钰失去儿子后，大臣态度发生了变化
孙太后对朱祁钰软禁朱祁镇，私废太子虽有不满，如果没有大臣们站在她这一边，她也只能无可奈何，但是在朱祁钰失去独子，面临皇位无人继承的局面时，大臣们态度有了明显转变，有了一定的群众基础，朱祁镇复辟的成功率极高，所以孙太后也就顺水推船地支持大臣们帮助朱祁镇夺朱祁钰的皇位了。