这是多方面因素共同造成的，主要有历史因素和自然因素。
自然原因。我国幅员辽阔，地区间自然条件迥异，决定了不同地区发展存在"先天性"差异。比如，东部地区以平原为主，气候宜人，土壤肥沃，交通便利，占据先天发展优势。
西部地区多为山地丘陵和戈壁沙漠，气候干燥，生态恶化，交通闭塞，与外界的信息交流及贸易往来受到限制，经济社会发展不利因素多。
历史原因。数千年来我国就一直存在发展差距，国家的经济重心处在不断变迁中。中原地区很长时间是全国的经济中心，唐代以后特别是北宋以后，经济中心逐步向长江中下游和东南沿海地区转移。
改革开放以来，纵向比较，各个地区都有很大发展；横向比较，地区差距在拉大。
区域均衡发展理论的缺陷
均衡发展理论的缺陷之一在于忽略了一个基本的事实，即对于一般区域特别是不发达区域来说，不可能具备推动所有产业和区域均衡发展的资本和其他资源，在经济发展初期很难做到均衡发展。
缺陷之二，忽略了规模效应和技术进步因素，似乎完全竞争市场中的供求关系就能决定劳动和资本的流动，就能决定工资报酬率和资本收益率的高低。
但事实上，市场力量的作用通常趋向增加而不是减少区域差异。发达区域由于具有更好的基础设施、服务和更大的市场，必然对资本和劳动具有更强的吸引力，从而产生极化效应，形成规模经济，虽然也有发达区域向周围区域的扩展效应，但在完全市场中，极化效应往往超过扩展效应，使区际差异加大。
另外，技术条件不同也会使资本收益率大不相同，此时的资本要素流动会造成不发达区域资本要素更加稀缺，经济发展更加困难。
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