人体免疫系统的主要器官是骨髓，胸腺，脾脏和淋巴结。这些器官产生摧毁细菌，病毒和肿瘤细胞需要的淋巴细胞。
就如海陆空部队经过训练保卫国家领土一样，免疫系统的各个器官也负责保护身体免受寄生虫，细菌，病毒，真菌感染和肿瘤细胞生长的威胁。免疫系统有免疫器官组成，而这些器官又由不同的相互依赖的细胞组成，它们杀死肿瘤和寄生虫细胞，摧毁病毒感染细胞并吞噬细菌。免疫系统器官生成细胞，除了负责免疫反应以外，还是免疫功能的站点。下面让我们分别介绍这些免疫系统器官的作用与功能。
骨髓
所有人体免疫系统细胞都是在骨髓形成，它们存在于骨头，经过一个叫做血生成的过程。该造血过程涉及骨髓来源干细胞的分化，不是进入免疫系统成熟细胞，就是进入移出骨髓的细胞前驱继续成熟。骨髓负责产生B细胞，粒细胞，自然杀伤细胞和未成熟胸腺细胞等重要的免疫系统细胞。此外，它还产生红血细胞和血小板。
胸腺
另一个产生免疫系统细胞或淋巴细胞的站点是胸腺。这一平面双腺体位于上胸区，心脏之上，在儿童时期产生淋巴细胞最活跃。胸腺的主要功能是生产成熟T细胞。不成熟细胞被骨髓产生，迁移到胸腺，在这里完成成熟过程。这一成熟过程很明显，因为它只让有益T细胞释放进血流。唤起有害自身免疫反应的T细胞被排除。
脾脏
这一免疫系统器官由T细胞，B细胞，自然杀伤细胞，巨噬细胞，树突状细胞和红细胞组成。它的作用是血液免疫过滤和截留杂质。在巨噬细胞和树突细胞通过血流将抗原带给脾脏时，脾脏中的B细胞被激活并产生大量抗体。因此，可以把脾脏比作免疫会议中心。此外，脾脏还形成摧毁老红血细胞的站。
淋巴结
与脾脏过滤血液一样，这些淋巴结过滤人体细胞之间的细胞间液。淋巴结位于全身淋巴系统，主要由B细胞，T细胞，巨噬细胞和树突细胞构成。它们有免疫过滤作用，汲干大多数人体组织的淋巴，并过滤掉其中的抗原，然后让淋巴重新返回循环。
免疫系统的其它器官
增殖腺：这是位于鼻腔后部，与咽喉交界的腺体。它们的形状很像单丛海绵组织，形成体内的第一道防线。它们的功能是阻止细菌和微生物感染身体其它器官。它主要由淋巴组织构成，在体内充当过滤器，截留细菌和病毒。增殖腺中的抗体帮助抵御感染。在孩子体内，该器官非常有益，然而，它会随着年龄增长而逐渐萎缩。
扁桃体：口腔后部两侧存在两个软腺体组织。从镜子能看到它们。
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