江苏省水利工程建设局承担着重要的职责，其工作主要集中在以下几个方面：
首先，该局在水利重点工程的立项阶段发挥关键作用，参与前期规划和论证，并负责工程项目的初步设计和概算的核转与审批，确保项目规划的科学性和可行性。
其次，该局作为工程实施的主导者，负责省水利重点工程的全面管理和执行，确保项目的顺利进行并达到预期目标。
在施工阶段，江苏省水利工程建设局拥有审批施工图及预算的权力，这确保了工程的质量和成本控制。
此外，该局还承担着施工过程中的监督管理任务，参与工程的竣工验收，确保工程质量符合标准，保障水利设施的安全运行。
自2005年起，江苏省水利工程建设局的职责进一步扩展，工务处被增挂为安全监督处，专门负责全省水利工程建设的安全监督管理工作，这体现了对水利建设安全的高度重视。
江苏省水利工程建设局于1995年8月经省委、省政府批准为省水利厅管理的副厅级事业单位，1997年8月经省人事厅批准参照公务员管理。其前身是江苏省京杭运河续建工程指挥部和江苏省水利重点工程指挥部。1997年2月，省政府办公厅《关于印发江苏省水利工程建设局机构改革方案的通知》（苏政办发199727号）明确省水利工程建设局主要职责。