南瓜起源于亚洲南部,主要分布在中国、印度及日本等地,欧美甚少,故有“中国南瓜”之名。后来根据考古资料及品种资源的分布,确认南瓜起源于中、南美洲。南瓜在中美洲有很长的栽培历史,早在公元前8500年,美洲南瓜就伴随着人类,而人类栽培它则在公元前4050年。在墨西哥奥坎波洞窟和秘鲁胡阿沙。普番塔遗址的出土发掘中发现,最早的中国南瓜和墨西哥南瓜残片在公元前5000~3000年就已存在。
南瓜传入中国有多条路径,但以广东、福建、浙江为最早。中国人初期误以为南瓜来自日本,故名之为“倭瓜”,因日本在中国之东,所以又称南瓜为“东瓜”,此外还有进一步误会为产自朝鲜半岛,名之曰“高丽瓜”,而日本人则以为南瓜来自中国,所以称它为“唐茄子”(当时日本人将中国产品概称为唐物)。到了清代中后期,中国南方南瓜沿大运河向北移栽,特别是山东,成了北方南瓜种植重镇,人们开始意识到此瓜应自南来,“南瓜”之称开始流行。
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