邹城市国家税务局内设多个专业科室，各司其职，为高效开展税收工作提供坚实保障。以下是各部门的主要职责：
办公室：制定年度计划与发展规划，处理日常政务，负责综合性会议、文电处理、保密等工作，组织税收科研与外事活动，管理后勤保障和机关行政事务，进行目标管理考核及督查督办，实施综合行政管理系统，并处理人大代表建议和政协委员提案。
税政管理科：负责流转税和车购税的税政业务，管理增值税专用发票，推动金税工程的实施，进行纳税评估、日常管理和检查，负责涉外税务事务和税务法律事务，监督税收法规执行情况，处理重大税收案件。
征收管理科：负责税收征管法规的实施，管理税务登记、纳税申报等，组织综合考核，推广征管软件，负责纳税评估和纳税服务，管理普通发票，负责发票的管理和日常检查。
人事教育科：研究并执行人事制度，负责机构人事管理、离退休干部服务、教育培训、党建群团等工作。
监察室：负责监督税收法规执行情况，进行党的纪律检查、行政监察，处理违法违纪案件和信访举报。
计划统计科：负责税收计划管理、会计统计、税款征收分析等，编制税收计划，监控税源，管理税收票证。
办税服务厅：为纳税人提供税务登记、纳税申报等一站式服务，包括税收证明办理和优惠政策申请。
税源管理科：负责企业所得税和个人所得税等税种管理，以及出口退税工作。
信息中心：负责税收管理和行政管理系统的建设，执行信息系统管理，维护数据库，参与软件开发和税控器具推广，进行数据审核和分析，保障网络安全。