不同元素的本质区别是质子数不同。
说明：
元素是具有相同核电荷数的同一类原子的总称，而核电荷数是原子核所带的电荷数.原子核是由质子和中子构成，中子不带电，质子带正电，且每个质子带1个正电荷。
因此原子的核电荷数等于原子的质子数由此可知元素的种类是由质子数决定，质子数不同是不同种元素的本质区别。
元素的介绍：
化学元素就是具有相同的核电荷数（核内质子数）的一类原子的总称。从哲学角度解析，元素是原子的质子数目发生量变而导致质变的结果。
质子的介绍：
质子是一种带1.6×10-19库仑正电荷的亚原子粒子，直径约1.6-1.7×10−15m，质量是938百万电子伏特/c²，即1.672621637×10-27千克。
大约是电子质量的1836.5倍（电子的质量为9.10938215（45）×10-31千克），质子比中子稍轻（中子的质量为1.674927211（84）×10-27千克）。
质子的研究历史与作用：
1、研究历史
质子的存在最早是由英国物理学家汤姆逊在1897年通过对阴极射线的研究中发现的。他使用了一个电磁场来偏转阴极射线，并发现在电磁场中出现了两个不同方向偏转的束。这表明阴极射线由带有正电荷和负电荷的粒子组成，其中带有正电荷的粒子就是质子。
2、作用
在化学反应中，质子起着关键的作用。当质子被从一个分子转移到另一个分子时，会发生酸碱反应。例如在水中质子可以从一个水分子转移到另一个水分子，形成氢离子和羟基离子，这是水的自离解反应。质子的转移也可以导致其他类型的化学反应，如氧化还原反应等。
质子是原子核的重要组成部分，原子核由质子和中子组成，其中质子带有正电荷，中子不带电。质子之间的相互作用力是通过强相互作用力来维持的，这种力能够使原子核保持稳定。质子的数量决定了一个原子的元素性质，因为不同元素的原子核中质子的数量是不同的。