肛门脓肿的常见病因是肛瘘，这是一种肛管皮肤与直肠壁之间形成的管道，通常在肛门肿痛的经历后形成。肛瘘的症状表现为间歇性流脓，流脓前会出现肛门肿痛，流脓后疼痛会减轻。
除了肛瘘，其他疾病也可能导致肛门脓肿。例如，化脓性汗性炎通常在肛周皮下发生，病区广泛且有多处流脓的疮口，疮口之间可相互连接形成皮下瘘道，炎症和瘢痕遍布，但这些瘘道并不与肛门齿线和直肠直接相通。
肛周的毛囊炎主要发生在尾骨和肛门周围，表现为有排脓的外口和短浅窦道，特征是外口内有毛发和小毛囊，与肛门脓肿相关。
骶尾骨骨桔核是一种长期的疾病，患者有全身性桔核病史和相关症状，X线检查可见骨质损害，但此病与肛门直肠疾病不直接相关。
最后，骶骨前畸胎瘤在临床有时与直肠后脓肿相似，但后者肿块光滑，无明显压痛，有囊性感和分叶。X线检查显示骶骨前有肿物，影响直肠位置，可能伴有散在的牙齿钙化阴影。
肛周脓肿的症状是先感到肛门周围出现了一个小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧不宁、夜不能眠、大便秘结、排尿不畅成里急后重等直肠刺激症状。并随之出现全身不适、精神疲惫乏力、体温升高、食欲减退、寒战高热等全身中毒症状。