城乡合作医疗在网上缴费主要有三种方式：
一、APP缴费步骤
进入全国社保局在线查询，选择地方官网进入并下载当地人社app，也可以登录所在地区人力资源会保障局官网，然后在官网首页扫码下载“xx地人社手机APP”；下载并安装到手机上后，点击“城乡居民医保缴费”选项，然后点击“继续”；登入个人账号，准确无误地输入身份证号码，并选择缴费年度；确认缴费信息无误后，点击确认缴费，最后选择支付应交费用即可。
二、微信缴费，
步骤，打开手机微信，点击右下角【我】，点击【支付】，进入生活缴费，选择城市，再点击社保缴费即可，目前只有部分城市开通了这项功能，可以留意自己的微信有没有这项功能。
三、支付宝缴费步骤
在手机上打开“支付宝”应用，没有的需要提前下载好，然后在左下角方【城市服务】点击，选择需要处在的城市之后，在办事大厅栏中选择【医保】，选择【居民医保缴费】进入页面显示案例即可
农村合作医疗保险缴费标准目前设为每年100元、200元、300元、400元、500元5个档次，地方可以根据实际情况增设缴费档次。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》
第二十三条
职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
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