一、申请手续费返还的税款范围
可申请手续费返还的“三代”范围包括：代扣代缴、代收代缴和委托代征。由于经常发生代扣代缴职工工资个人所得税行为，因此企业较熟悉申请返还代扣代缴个人所得税手续费。事实上，在企业所得税、营业税（营改增前）、增值税等纳税范围中，只要企业属于法定的扣缴义务人，履行了代扣代缴、代收代缴税款义务之后，都可以按照规定申请手续费返还。
二、申请手续费返还时的一些特殊情况
1、个人合伙企业为投资者申报个人投资者生产经营所得的个人所得税，不能申请手续费返还
根据《个人代缴代扣条例》的规定，第四条 扣缴义务人向个人支付下列所得，应代扣代缴个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）对企事业单位的承包经营、承租经营所得；
（三）劳务报酬所得；
（四）稿酬所得；
（五）特许权使用费所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得；
（十）经国务院财政部门确定征税的其他所得。
因此，个人合伙企业个人投资者按照 “个体工商户生产、经营所得”缴纳的个人所得税不属于代扣代缴的范畴，不得申请手续费返还。
2、被税务机关查出，扣缴义务人补代扣代缴的个人所得税税款不能申请扣缴手续费返还。
3、代扣代缴城市建设维护税、教育费附加不可以申请手续费返还
城市建设维护税仍属于税，在申请范围之内，而教育费附加不属于税，不在范围之内。
扩展资料
为加强个人所得税的征收管理，完善代扣代缴制度，强化代扣代缴手段，根据税法及实施条例、《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称征管法）及实施细则和有关行政法规的规定，特制定本办法。
具体内容
第一条
为加强个人所得税的征收管理，完善代扣代缴制度，强化代扣代缴手段，根据税法及实施条例、《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称征管法）及实施细则和有关行政法规的规定，特制定本办法。
第二条
凡支付个人应纳税所得的企业（公司）、事业单位、机关、社团组织、军队、驻华机构、个体户等单位或者个人，为个人所得税的扣缴义务人。
上款所说的驻华机构，不包括外国驻华使领馆和联合国及其他依法享有外交特权和豁免的国际组织驻华机构。
第三条
按照税法规定代扣代缴个人所得税是扣缴义务人的法定义务，必须依法履行。
第四条
扣缴义务人向个人支付下列所得，应代扣代缴个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）对企事业单位的承包经营、承租经营所得；
（三）劳务报酬所得；
（四）稿酬所得；
（五）特许权使用费所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得；
（十）经国务院财政部门确定征税的其他所得。
第五条
扣缴义务人向个人支付应纳税所得（包括现金、实物和有价证券）时，不论纳税人是否属于本单位人员，均应代扣代缴其应纳的个人所得税税款。
前款所说支付，包括现金支付、汇拨支付、转帐支付和以有价证券、实物以及其他形式的支付。
第六条
扣缴义务人应指定支付应纳税所得的财务会计部门或其他有关部门的人员为办税人员，由办税人员具体办理个人所得税的代扣代缴工作。
代扣代缴义务人的有关领导要对代扣代缴工作提供便利，支持办税人员履行义务；确定办税人员或办税人员发生变动时，应将名单及时报告主管税务机关。
第七条
扣缴义务人的法人代表（或单位主要负责人）、财会部门的负责人及具体办理代扣代缴税款的有关人员，共同对依法履行代扣代缴义务负法律责任。
第八条
同一扣缴义务人的不同部门支付应纳税所得时，应报办税人员汇总。
第九条
扣缴义务人在代扣税款时，必须向纳税人开具税务机关统一印制的代扣代收税款凭证，并详细注明纳税人姓名、工作单位、家庭住址和居民身份证或护照号码（无上述证件的，可用其他能有效证明身份的证件）等个人情况。
对工资、薪金所得和利息、股息、红利所得等，因纳税人数众多、不便一一开具代扣代收税款凭证的，经主管税务机关同意，可不开具代扣代收税款凭证，但应通过一定形式告知纳税人已扣缴税款。纳税人为持有完税依据而向扣缴义务人索取代扣代收税款凭证的，扣缴义务人不得拒绝。
扣缴义务人应主动向税务机关申领代扣代收税款凭证，据以向纳税人扣税。非正式扣税凭证，纳税人可以拒收。
第十条
扣缴义务人依法履行代扣代缴税款义务时，纳税人不得拒绝。纳税人拒绝的，扣缴义务人应及时报告税务机关处理，并暂时停止支付其应纳税所得。否则，纳税人应缴纳的税款由扣缴义务人负担。
第十一条
扣缴义务人应扣未扣、应收未收税款的，由扣缴义务人缴纳应扣未扣、应收未收税款以及相应的滞纳金或罚款。其应纳税款按下列公式计算：[点通正文]排列=左起横版录入方式=手工录入
应纳税额=应纳税所得额×适用税率一速算扣除数扣缴义务人已将纳税人拒绝代扣代缴的情况及时报告税务机关的除外。
第十二条
扣缴义务人应设立代扣代缴税款帐簿，正确反映个人所得税的扣缴情况。
第十三条
扣缴义务人每月所扣的税款，应当在次月7日内缴入国库，并向主管税务机关报送《扣缴个人所得税报告表》、代扣代收税款凭证和包括每一纳税人姓名、单位、职务、收入、税款等内容的支付个人收入明细表以及税务机关要求报送的其他有关资料。
扣缴义务人违反上述规定不报送或者报送虚假纳税资料的，一经查实，其未在支付个人收入明细表中反映的向个人支付的款项，在计算扣缴义务人应纳税所得额时不得作为成本费用扣除。
第十四条
扣缴义务人因有特殊困难不能按期报送及其他有关资料的，经县级税务机关批准，可以延期申报。
第十五条
扣缴义务人必须依法接受税务机关检查，如实反映情况，提供有关资料，不得拒绝和隐瞒。
第十六条
扣缴义务人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关根据法律、行政法规确定的税款，解缴税款及滞纳金，然后可以在收到税务机关填发的缴款凭证之日起60日内向上一级税务机关申请复议。
第十七条
对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给2%的手续费。扣缴义务人可将其用于代扣代缴费用开支和奖励代扣代缴工作做得较好的办税人员。但由税务机关查出，扣缴义务人补扣的个人所得税税款，不向扣缴义务人支付手续费。
第十八条
扣缴义务人为纳税人隐瞒应纳税所得，不扣或少扣缴税款的，按偷税处理。
第十九条
扣缴义务人以暴力、威胁方式拒不履行扣缴义务的，按抗税处理。
第二十条
扣缴义务人违反以上各条规定，或者有偷税、抗税行为的，依照征管法处理。
第二十一条
为了便于税务机关加强管理，主管税务机关应对扣缴义务人建档登记，定期联系。对于经常发生代扣代缴义务的扣缴义务人，主管税务机关可以发给扣缴义务人证书。扣缴义务人应主动与税务机关联系。
第二十二条
税务机关应对办税人员加强业务辅导和培训，帮助解决代扣代缴工作中出现的问题。对故意刁难办税人员或阻挠其工作的，税务机关应配合有关部门，做出严肃处理。
第二十三条
各省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局可以根据本办法规定的原则，结合本地实际，制定有关的代扣代缴办法，并报国家税务总局备案。
第二十四条
本办法由国家税务总局负责解释。
参考资料：百度百科：个人所得税代扣代缴
根据《关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行〔2005〕365号）的规定，可申请手续费返还的“三代”范围包括：代扣代缴、代收代缴和委托代征。由于经常发生代扣代缴职工工资个人所得税行为，因此企业较熟悉申请返还代扣代缴个人所得税手续费。事实上，在企业所得税、营业税（营改增前）、增值税等纳税范围中，只要企业属于法定的扣缴义务人，履行了代扣代缴、代收代缴税款义务之后，都可以按照规定申请手续费返还。
二、申请手续费返还时的一些特殊情况
1、个人合伙企业为投资者申报个人投资者生产经营所得的个人所得税，不能申请手续费返还
根据《国家税务总局关于印发<个人所得税代扣代缴暂行办法>的通知》（国税发〔1995〕65号）的规定，第四条 扣缴义务人向个人支付下列所得，应代扣代缴个人所得税：（一）工资、薪金所得；（二）对企事业单位的承包经营、承租经营所得；（三）劳务报酬所得；（四）稿酬所得；（五）特许权使用费所得；（六）利息、股息、红利所得；（七）财产租赁所得；（八）财产转让所得；（九）偶然所得；（十）经国务院财政部门确定征税的其他所得。
因此，个人合伙企业个人投资者按照 “个体工商户生产、经营所得”缴纳的个人所得税不属于代扣代缴的范畴，不得申请手续费返还。
2、被税务机关查出，扣缴义务人补代扣代缴的个人所得税税款不能申请扣缴手续费返还
答：根据国家税务总局《个人所得税代扣代缴暂行办法》（国税发[1995]065号）的规定，由税务机关查出，扣缴义务人补扣的个人所得税税款，不向扣缴义务人支付手续费。
3、代扣代缴城市建设维护税、教育费附加不可以申请手续费返还
城市建设维护税仍属于税，在申请范围之内，而教育费附加不属于税，不在范围之内。
三、其他事项
1、“三代”单位所取得的手续费收入应该单独核算，计入本单位收入，用于“三代”管理支出，同时记得申报缴纳增值税及所得税哦。
2、“三代”单位所取得的手续费收入也可以适当奖励相关工作人员。另外，如果用于奖励优秀的员工，根据财税[1994]20号文第二条的规定，该部分奖励暂免征收个人所得税。本回答被网友采纳
因而，对于法律法规规定的具有代扣代缴义务的扣缴义务人均可以申请手续费返还。
2、申请的税务机关：
财行[2005]365号 三代的管理还规定：税务机关应对负有代扣代缴、代收代缴义务的扣缴义务人办理扣缴税款登记，核发扣缴税款登记证件。
第六条手续费支付管理规定：
（一）税务机关应按照本通知规定的比例支付三代税款手续费。
（三）税务机关应在三代单位和个人申报并结报票款后，按有关规定支付三代税款手续费。对不能及时支付的，应予说明，并在一个季度内结清，最长不得超过6个月。
（六）三代单位所取得的手续费收入应该单独核算，计入本单位收入，用于三代管理支出，也可以适当奖励相关工作人员。
因而，从上述规定可以看出，对于扣缴义务人申请手续费确需向实际所代扣代缴的税款所缴纳的税务机关进行申请。本回答被提问者采纳