在2001年10月，闽江源自然保护区设立了一个专门的管理机构，即保护区管理处。这个机构被定性为正科级全额拨款事业单位，初始人员配置为15人。他们的主要职责是负责保护区的日常管理和保护工作。
在2006年2月，这个保护区经历了显著提升，经国务院批准，升级为国家级自然保护区。这一重大转变后，保护区的机构级别和编制也相应调整。现在，它的行政级别提升为副处级，且仍为全额拨款事业单位。关于编制，已经获得了省编办的正式批复，表明其得到了更全面的支持和资源保障。
新的机构架构下，保护区设有五个科室和三个管理站，这些部门分工明确，涵盖了保护区管理的各个方面。总编制人数增加至50人，这意味着有更专业的团队来保障保护区的高效运作和生态保护工作。
建宁闽江源自然保护区位于建宁县境内东南部，东北部与泰宁交界，总面积13022公顷，千里闽江正源发源于保护区内严峰山西南麓。区内金饶山海拨1858米，是三明第一个高峰，地层古老，又是建宁椴、建宁金腰的模式标本采集地。该区是武夷山脉中亚热带森林生态系统保护区的重要组成部分，是珍稀野生动植物的良好栖息地，有国家重点保护植物36种，国家级保护动物17种。建立闽江源省级自然保护区，对于闽江水源涵养以及生物多样性的保护都具有重要义。