呼吸器官的任务是执行血液与外界气体交换，从外界获得足够的氧气，排除二氧化碳，使体内组织细胞能不断的进行氧化与分解，产生能量。作为鱼的呼吸器官，必须具备以下三方面的条件（水中氧气小于空气中的）：1、具备十分丰富的血管；2、呼吸器官的壁膜必须极薄，氧气能迅速通过；3、有一适当的“机械装置”使水能不断的接触呼吸面。鱼类的主要呼吸器官是鳃，此外，还有一些辅助呼吸器官，如：皮肤、口咽腔粘膜、鳃上器官、肠等。
1.鳃：鳃位于鳃弓的外侧，新鲜时颜色鲜红。一、鳃裂：头后口咽腔两侧的孔裂。板鳃类一般有5对鳃裂，少数6对或7对，硬骨鱼5对。1、鳃裂道：相邻的两个鳃弓之间的空隙。2、内鳃裂：鳃裂开口于咽喉一侧的孔裂。3、外鳃裂：鳃裂开裂于体外的孔裂（硬骨鱼有鳃盖，所以外鳃裂仍在鳃盖内）。4、鳃盖裂：鳃盖后方的孔裂、鳃孔。二、鳃的构造：1、鳃片：鳃弓外方鳃间隔两侧发生的鳃丝状或板状突起，为鳃的主要组成部分，一般每一鳃弓上有两片。2、鳃丝：组成鳃片的丝状物，排列紧密，使鳃片成梳状。3、鳃小片：鳃丝两侧长出的互相平行的许多突起，是气体交换的真正场所。每一鳃小片只有两层细胞，内包含血管（窦状隙）。血液与水中间仅隔着血管壁与鳃小片两层细胞壁。这样就与气体交换的机能相适应。4、鳃间隔：位于同一鳃弓上的两列鳃片之间，软骨鱼类尤其是板鳃类特别发达，长于鳃丝，而硬骨鱼类退化，仅残留基部。5、半鳃和全鳃：鳃弓上每一片鳃片成为一个半鳃，同一鳃弓上的两列鳃片合称为一个全鳃。一般鱼类有4对全鳃，第5对鳃弓无鳃。软骨鱼类舌弓上有一半鳃，故有9个半鳃。6、伪鳃：许多硬骨鱼类在鳃盖内面具一伪鳃，结构同鳃，但无呼吸功能。另外鲟、板鳃类具喷水孔伪鳃。少数低等硬（鲟）鳃盖内是舌弓半鳃，是真鳃。7、幼鱼呼吸器官（外鳃）：有些鱼类的幼鱼在正式的鳃没有发达之前，在体外出现鳃片状构造――外鳃，具呼吸功能，例：板鳃类，从鳃孔伸出：⑴内胚层性外鳃：与真鳃同源，吸收养料；⑵外胚层性外鳃：与皮肤同源，肺鱼、多鳍鱼。
2.鱼的呼吸运动：鱼类靠口和鳃盖的运动，使水进出入鳃部，营呼吸作用，多数硬骨鱼类有两种呼吸瓣，口腔瓣（位于上下颌的内缘），可防止吸入口内水倒流出口外，鳃盖瓣，可防止水从鳃外倒流入鳃腔。吸水时鳃盖向外扩张，原来稍伸出的鳃盖膜在外部水的压力下靠近了鳃孔，将其关闭得很紧，因而鳃盖内形成了真空的间隙。张开口，水便由外界进入口咽腔，排水时，口及口腔瓣紧闭，鳃盖膜张开，鳃盖内压，口咽底部上升，水即由鳃裂中排出，呼吸时相邻两半鳃的鳃丝末端紧密相接，构成状似漏斗的鳃栅。
3.辅助呼吸器官：大多数鱼类一离开水就会死亡，通常鳃孔大的比鳃孔小的死得快。但有些鱼类可以暂时离开水或在氧量极少的水中生活，这是由于它们具有一些能直接呼吸空气的特殊结构，如皮肤、肠、口咽腔、鳃上器官等，这些鱼类大多生活在热带和亚热带。一、皮肤呼吸：鳗鲡能够离开水很长时间，可在夜间由水中游上陆地，经过潮湿的草地，迁移到别处水中。这时它们就是以皮肤来呼吸。血液透过极薄的皮肤直接从空气中进行气体交换。特别是降河入海产卵的亲鳗，就是靠这种方法，由一个水团转移到另一个水团。鲇、弹涂鱼、双肺鱼、黄鳝皮肤血管较多，也有些作用。二、肠呼吸：泥鳅在夏季水温升高，水中含氧量很低时，会将口伸出水面，吞取空气。在无氧水中70次/小时。这种呼吸方式主要是肠的作用。在夏季，泥鳅肠壁的柱状上皮细胞――扁平上皮细胞，细胞间出现微血管，它所吞的空气可以透过很薄的肠壁与血液交换。多余的空气及血液中放出的二氧化碳由肛门排出。
三、口咽腔粘膜呼吸：黄鳝口咽腔内壁的扁平细胞下面布满血管，可利用它来呼吸空气，故可在无水的泥洞中几个月不死。它的鳃退化，平时也依靠口咽腔粘膜协助呼吸。弹涂鱼、电鳗的咽喉表皮，也有呼吸作用。四、鳃上器官：胡子鲶、乌鲤、龟壳攀鲈及斗鱼等的鳃弓一部分骨骼特化成一种鳃上器官，可以直接利用空气中的氧气。胡子鲶的鳃上器官是分别由第二及第四鳃弓上的鳃丝突出特化而成，在鳃弓背面呈二簇树枝状结构，富含血管，没有骨骼支持。鳃上器官包藏在鳃腔后背方的鳃上腔内。它在干燥季节时，营穴居生活，靠这种器官可以数月不死。乌鲤的鳃上器官由第二鳃弓的上鳃骨和舌颌骨内面的骨质突起所构成。骨片上覆有粘膜组织，位于鳃腔上背方的鳃上腔内。鳃上腔四壁覆有一层粘膜，鳃上腔及鳃上器官布满血管。攀鲈的鳃上器官由第一鳃弓咽鳃骨及上鳃骨特化而成，构造与上同。斗鱼的鳃上器官亦由第一鳃弓咽鳃骨及鳃骨特化而成。
五、气囊：囊鳃类有一对管状长囊，自鳃腔往后穿过脊椎附近肌肉至尾部，内布满血管，充满空气，能在陆上生活一段。大多数鱼类一离开水就会死亡，通常鳃孔大的比鳃孔小的死得快。但有些鱼类可以暂时离开水或在氧量极少的水中生活，这是由于它们具有一些能直接呼吸空气的特殊结构，如皮肤、肠、口咽腔、鳃上器官等，这些鱼类大多生活在热带和亚热带。一、皮肤呼吸：鳗鲡能够离开水很长时间，可在夜间由水中游上陆地，经过潮湿的草地，迁移到别处水中。这时它们就是以皮肤来呼吸。血液透过极薄的皮肤直接从空气中进行气体交换。特别是降河入海产卵的亲鳗，就是靠这种方法，由一个水团转移到另一个水团。鲇、弹涂鱼、双肺鱼、黄鳝皮肤血管较多，也有些作用。二、肠呼吸：泥鳅在夏季水温升高，水中含氧量很低时，会将口伸出水面，吞取空气。在无氧水中70次/小时。这种呼吸方式主要是肠的作用。在夏季，泥鳅肠壁的柱状上皮细胞――扁平上皮细胞，细胞间出现微血管，它所吞的空气可以透过很薄的肠壁与血液交换。多余的空气及血液中放出的二氧化碳由肛门排出。三、口咽腔粘膜呼吸：黄鳝口咽腔内壁的扁平细胞下面布满血管，可利用它来呼吸空气，故可在无水的泥洞中几个月不死。它的鳃退化，平时也依靠口咽腔粘膜协助呼吸。弹涂鱼、电鳗的咽喉表皮，也有呼吸作用。四、鳃上器官：胡子鲶、乌鲤、攀鲈及斗鱼等的鳃弓一部分骨骼特化成一种鳃上器官，可以直接利用空气中的氧气。胡子鲶的鳃上器官是分别由第二及第四鳃弓上的鳃丝突出特化而成，在鳃弓背面呈二簇树枝状结构，富含血管，没有骨骼支持。鳃上器官包藏在鳃腔后背方的鳃上腔内。它在干燥季节时，营穴居生活，靠这种器官可以数月不死。乌鲤的鳃上器官由第二鳃弓的上鳃骨和舌颌骨内面的骨质突起所构成。骨片上覆有粘膜组织，位于鳃腔上背方的鳃上腔内。鳃上腔四壁覆有一层粘膜，鳃上腔及鳃上器官布满血管。攀鲈的鳃上器官由第一鳃弓咽鳃骨及上鳃骨特化而成，构造与上同。斗鱼的鳃上器官亦由第一鳃弓咽鳃骨及鳃骨特化而成。
4.鳔：大多数硬骨鱼类的体腔上部，消化道与脊椎间有一大而中空的囊状器官—鳔，内充满了氧气、二氧化碳、氮气等一、鳔的构造：多数鱼类的鳔是单个囊状构造，不少种类可分为两室，也有三室的。其前后室有孔相通。鲱形目、鲤形目等的鳔有鳔管与食道相通，称之为喉鳔类，鲈形目等的鳔管退化，称之为闭鳔类。闭鳔类的鳔前腹面内壁有红腺（气腺）及微血管网，红腺能分泌气体，鳔内气体由此产生。鳔的后背方有一个较薄的卵圆窗，此处有环肌及辐射状肌，窗内布满血管，当辐射状肌收缩时，卵圆窗面积扩大，此时鳔内气体通过卵圆窗渗入邻近的血管中，当环肌收缩时，卵圆窗缩小时，停止呼吸气体。红腺的形态依种类而异，如大黄鱼腹面有7－8个花朵状；鲈为树枝状。喉鳔类也有气腺和气体呼吸区。圆口类和软骨鱼类都没有鳔，真骨鱼类的鳔比较复杂，有些不发达或不存在，尤其是底栖鱼类如比目鱼。泥鳅的鳔很小，包在骨质囊中。淡水密度小，淡水鱼鳔占整个身体体积的7－11%；而海水鱼鳔占整个身体体积的4－6%。
二、鳔的机能：1、比重调节：在不同深度借放气或吸气来调节鱼体比重，使其和周围水的比重一样，可毫不费力的停留在水的各层，在缓慢升降有用，急速时反成妨碍。但鳔只能帮助升降，升降运动主要靠鳍和肌肉。如马鲛、金枪鱼。2、呼吸的作用：肺鱼、多鳍鱼、雀鳝、弓鳍鱼的鳔有肺的功能，内有许多小气室，其又分为许多小泡，可直接呼吸空气。肺鱼在夏季枯水季节钻入洞穴中，体外分泌粘液形成一个“茧 ”，其上有一个小孔，可透入空气，此时它处于“夏眠”状态，完全以鳔呼吸，可达数月之久，待雨季来临，“茧”溶化，又回到水中生活。3、感觉机能：鱼在受到压力变化时，鳔中气体压缩或减稀，鳔能起到测压计或水中传声器的作用。有些鱼鳔与内耳发生联系，往往有较强的听觉和感觉压力的能力。例如：沙鲻鱼鳔的前端有两条细管与内耳相连，鲤科的韦伯氏器等。4、发音作用：能对附近器官所产生的声音起共鸣的作用，如鳞鲀科匙骨与后匙骨相摩擦及咽齿摩擦而发声时，鳔能起共鸣作用，使声音扩大。鳔管放气时往往会发出声音，如欧洲鳗鲡及一些鲤科鱼。另有一些鱼如大黄鱼、小黄鱼具有特殊的发音肌，在鳔的外面附有两块长条状色稍深的肌肉，称为鼓肌。此肌收缩时，使鳔发出咕咕声，为集群。渔民根据音调音量能判断鱼群的种类、大小、距离，甚至雌雄。
