1、柠檬是一种富含果酸的水果，所以柠檬水经期不要喝，以免腹痛。
2、不宜过酸，以免损伤牙釉质(为此可切1-2片柠檬，还可加入一勺蜂蜜，凉或温开水直接冲泡饮用。
3、由于柠檬pH值低达2.5，痰多、伤风感冒、胃寒气滞、腹部胀满者、胃酸过多者和胃溃疡者不易食用。不宜与阿司匹林同服。
4、柠檬水不适合经常饮用，对胃黏膜有一定刺激，而蜂蜜或柠檬水放置在常温中，提倡24小时内服用完毕。
5、具有脾胃虚寒、胃肠炎患者不提倡饮用柠檬水。柠檬水功效多，但副作用也不少，特别是对于脾胃不好的人来说，长时间喝柠檬水就伤害脾胃，并且营养不能快速消化。