1.整装勘查内涵有待进一步界定与规范
国土资发［2012］140号文，虽对“整装勘查”作了表述，但其内容涵盖过于广泛，几乎涉及了地质、经济、技术、管理等各个范畴，空间很大。同时也不乏矛盾之处，当前整装勘查已全面、深入推进，各省（区、市）对整装勘查具体内涵的理解存在很大的差异，表现在：一是对整装勘查内涵理解是各说各话，没有统一、规范的表述，在具体操作中，按各自的理解执行；二是各省（区、市）整装勘查区设置规模、数量差异大，有的省（区、市）两级整装勘查区面积总和可达到该省已划定成矿区带总面积的2/3 以上，在部级78片重点整装勘查区中最小面积也有707 km2（江西崇仁相山铀矿整装勘查区），最大面积达到36392 km2（青海柴达木盆地深层卤水钾盐资源整装勘查区）；三是大部分整装勘查区内，多部类专业工作同时展开，有的整装勘查区内还以地质调查为主，有的则是区域地质调查、区域矿产调查、矿产调查评价、矿产预查—普查—详查—勘探各阶段工作同时共存，呈现地质工作“会战”的场景。因此，为科学、有序、规范地推进整装勘查工作开展，应在深入总结实践经验和研究问题的基础上，进一步界定整装勘查工作的内涵。
2.整装勘查区内勘查主体利益有待进一步协调与合理配置
当前各整装勘查区中，大都呈投资和探矿权主体多元，合作形式多样，利益关系复杂的特点，勘查主体利益（或权益）协调与合理配置难度大。在政府强力主导下，为尽快展开勘查工作，要求各勘查主体把精力都先放在加快推进勘查工作上，以尽快实现找矿突破，对一些整装勘查后期利益分配问题尚未予以充分考虑。随着工作进程和勘查效益的实现，利益配置问题将会显现：如整装勘查中一些项目，政府出资，矿业权由地勘单位“代持”，工作完成后地勘单位权益不清；有些整装勘查区中现设探矿权、“调查证”，由地方财政或地勘基金投入，地勘单位负责组织实施勘查工作，即“打工”，完成勘查任务并取得找矿效果后，地勘单位权益也不清；一些勘查区中地勘单位与企业合作勘查，也存在利益配置后期再议等问题，中央与地方设置整装勘查区内都存在这种情况，这种政府（及政府相关部门）、企业、地勘单位间利益配置，其核心都是矿业权权益配置问题，对此应有清醒认识和解决之道。在探矿权仍是政府主导、掌控情况下，政府及矿产资源主管部门应进一步规范、明确整装勘查中探矿权配置和各主体权益的保护，以调动各勘查主体积极性。
找矿突破战略行动、整装勘查工作无疑得到许多省（区、市）政府的高度重视，大部分省（区、市）政府都加大了矿产勘查工作的投入，特别是西部地区，如甘肃省2011年投入地质工作经费达11亿元，除1亿元投入地质调查外，10亿元投入矿产勘查，且大部分投入整装勘查中的矿产勘查。据国土资源部地质勘查司统计资料，全国大多数省份整装勘查区仍然是以省级财政为主，在部级整装勘查区中，社会资金比例低于总投入50%的整装勘查区有24片；政府过度掌控矿业权，特别是掌控优质矿业权，并不断增加财政投入，以及进入整装勘查区门槛提高，这样导致对社会资金进入整装勘查区开展商业性勘查的挤出效应。因此，有必要进一步研究理顺政府财政投入与吸纳社会资金进入的关系协调政策，使政府财政投入对社会资金投入产生正效应。
3.组织管理、相关政策、外部环境有待进一步到位和改善
当前除部分省（区、市）找矿突破战略行动组织管理体系比较系统完善，建立了延伸到以整装勘查区为单元组织管理机构外，相当部分省（区、市）组织管理机构不够完善或不健全；一些促进找矿突破、整装勘查的政策措施或不完善或不到位，政策措施实施遇到许多困难，找矿激励机制、政策、措施各不相同，缺乏全国层面统一的找矿激励政策措施。整装勘查区内原有矿业权“多、小、散”的问题仍然不同程度地存在，有的还比较突出，整合比较困难，一定程度地影响整装勘查进展；找矿突破战略行动外部工作环境在一些地区还比较差，以致拖延勘查工作进程。这些问题对找矿突破战略行动顺利开展都造成一定程度的影响，需要进一步研究，使机构管理职能到位，加强矿政管理，理顺关系，完善制度，创造、改善外部工作环境，促进找矿突破加快实现。