1、标志不同：
国药准字：是药品生产单位在生产新药前，经国家食品药品监督管理局严格审批后，取得的药品生产批准文号，相当于人的身份证。
卫食健字/国食健字：是保健食品在不同时期分别由卫生部和国家食品药品监督管理局批准的产品批准文号，卫食健字是国家卫生部2003年及以前的批准号，自2004年国家成立了食品药品管理监督局后，卫食健字号一律要重新审批转为国食品健字号。
2、格式不同：
国药准字其格式为：国药准字+1位字母+8位数字，其中化学药品使用的字母为“H”，中药使用的字母为“Z”等等。只有获得此批准文号，药品才可以生产、销售。
卫生部对审查合格的保健食品发给《保健食品批准证书》，安发牌甘诺宝力胶囊（甘诺宝力O+）的批准文号为“卫食健字（2003）第0006号。”获得批准证书的保健食品准许使用卫生部规定的保健食品标志。
3、作用不同：
对于药品，现在国家规定统一使用的批准文号是“国药准字”号，即平常所说的“药字号”。根据国家药监局规定。
保健品的批准文号则是“卫食健字”或“国食健字（）第××号”。其中2003年以前通过审批的批号是“卫食健字”，2003年以后通过审批的批号是“国食健字”。
参考资料来源：百度百科-国药准字号
参考资料来源：百度百科—保健品
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国药健字牌和国药准字号所代表的产品不同。国药健字牌是指的保健品，不具备治疗疾病的作用；国药准字号是指是药品，具有治疗疾病的作用。
国药健字牌和国药准字号产品效果不同。国药健字牌保健品是用于调节机体机能，提高人体抵御疾病的能力，改善亚健康状态，降低疾病发生的风险，不以预防、治疗疾病为目的。国药准字号药品是指用于预防、治疗、诊断人的疾病，有目的地调节人的生理机能并规定有适应症或者功能主治、用法和用量的物质。
审批机构不同。国药准字号是指是国家药监局批准的，准予生产的药品。国食健字是国家食品药品监督局批准的准予生产的保健品。