1、常见的不良反应有：
1、腹或胃绞痛、疼痛、严重气胀；2、严重腹泻(水样或血样)；3、发热；4、恶心、呕吐；5、异常口渴；6、异常疲乏或软弱；7、显著体重减轻(伪膜性肠炎)。
2、大剂量林可霉素静注时可引起血压下降、心电图变化等，
偶可引起心跳、呼吸停止。 3、静脉给药可引起血栓性静脉炎。可引起胃肠道反应：恶心,呕吐,食欲不振,腹胀,腹泻.可引起二重感染,伪膜性结肠炎及光敏反应。可致皮疹，哮喘，耳鸣,眩晕，过敏性休克.亦有血象改变的报道。4、偶尔出现手脚麻木。
2、心血管系统
大剂量本品快速静注时可引起血压下降、心电图变化，有潮红及发热感，偶也可致心跳呼吸停止。1例用200mg发生恶心、呕吐、低血压、呼吸困难及心电图改变约20分钟。因此较大剂量静脉给药时宜稀释后静滴，每2g量至少以250ml液体稀释，每小时输液速度不宜超过100ml。静脉用药时可引致血栓性静脉炎。
3、消化系统
本品易导致胆红素升高
口服或注射给药均可发生胃肠道反应，一般反应轻微，可表现为纳差、恶心、呕吐、胃部不适和腹泻；腹泻可为一过性，也可病程迁延，多于用药后3～10天内发生。腹泻的产生可由药物直接刺激所致，也可能与肠道菌群失调有关。国外报告，口服本品后约20～50%的病例发生腹泻。腹泻多属轻度，但亦有表现为严重的伪膜性肠炎者。现已知本病的发生与本品应用后肠道内难辨梭状芽胞杆菌的大量繁殖并产生毒素有关，年老及腹部手术患者较易发生。除对症治疗外，万古霉素或灭滴灵口服
，均有良效。应用本药治疗时罕见有肝功能异常者，仅见于大剂量(大约4g/天)用3周以上者。另一组静注本品3.6g/天，氨基转移酶及胆红素升高，肝活检伴有相应的病理改变。
4、造血系统
对造血系统毒性不大，偶可引起中性粒细胞减少、嗜酸粒细胞增多，血小板减少等。一般反应轻微，为一过性，部份病人继续用药血象也可恢复。[过敏反应]本品偶可引起过敏反应，表现为皮疹、血管神经性水肿、血清病，也可引起日光过敏。偶有剥脱性皮炎产生。
