复旦大学附属儿科医院与上海儿童医院各有所长。
复旦大学附属儿科医院
复旦大学附属儿科医院创建于1952年，系国家卫生计生委三级甲等医院，是集医、教、研、防为一体的综合性儿童专科医院，是全国儿科学重点学科、国家“211”工程和“985”工程建设单位，是最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、
临床医学（儿科学组）博士后流动站的单位。目前是
中华医学会儿科分会前任主任委员单位；上海医学会儿科学会主任委员、上海医学会小儿外科学会主任委员单位。是
《中华儿科杂志》主编单位。是国家和上海市儿科专科医师及
住院医师规范化培训基地；上海市儿科临床质控中心依托单位。连续7次蝉联上海市文明单位。2014年，医院荣获
“上海市
五一劳动奖状”。
上海市儿童医院
上海市儿童医院、上海交通大学医学院附属儿童医院的前身是“难童医院”，由中国著名儿科专家富文寿、中国现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈创建于1937年。院名、院址历经变迁，于1954年与上海市儿童保健院合并更名为上海市儿童医院，2003年3月又正式成为上海交通大学附属儿童医院。拥有一批重点学科，是一所集医疗、教学、科研、保健、康复于一体的三级甲等综合性儿童医院；是上海市文明单位。
医院占地面积1.59公顷，建筑面积约2.5万平方米，核定床位300张，职工780余人，年门诊量逾100万人次，住院病人逾1.5万人次。位于
普陀区长风生态商务区的
新院将于2010年动工，占地面积约39亩，核定床位550张。