扣发工资作为保证金，肯定违法。
《劳动合同法》第九条 用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。
你可协商要求退回,如果协商不一致,可到当地劳动部门投诉.
《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条 用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，以及拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。
一、原则上，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
劳动者的这一规定，很好的保护了劳动者。随着现代工业化、城市化进程的加快，我国劳动力市场供求关系失衡的现象普遍，使得劳动者面临择业困难，生存压力大，在与企业签订劳动合同时出于劣势。如果允许用人单位与劳动者约定由劳动者承担违约金，很容易让具有缔约优势的用人单位将违约金条款强加到劳动者身上。故劳动合同法将用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约责任作为禁止性条款加以规定，极大的保护了劳动者的利益。
二、法律规定允许用人单位与劳动者约定由劳动者承担违约金的两种情形。
1、劳动者违反培训协议约定的服务期，应当按照约定向用人单位支付违约金。
《劳动合同法》第22条规定“用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期；劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付违约金不得超过服务期期间尚未履行部分所应分摊的培训费用”。
用人单位约定服务期的前提是由于用人单位通过出资培训而得到特殊技能。目前，在企业诉员工的劳动争议案件中，培训费争议的案件是比较多的。一般情况下，单位应当提供下列证据：其一，企业提供的不是单位内部开展的安全卫生教育、岗前、转岗等义务性培训；其二，必须有为劳动者参加培训出资的由培训单位出具的货币支付凭证；其三，劳动者在服务期内有违约解除劳动合同的事实的证据。
2、竞业限制人员违反竞业限制条款，应当按照约定向用人单位支付违约金。
《劳动合同法》第二十三条规定“用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项；对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金”。
第二十条规定“竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定；竞业限制的期限不得超过两年”
三、在劳动合同法实施后，企业除了上述两种情形外，再与员工约定违约金，则不会得到仲裁机构和法院的支持。
请参考：公司可以向劳动者要求支付违约金的法律依据
http://www.055110.com/ld/5/88.html