两者的主要区别是：性质的不同、组织架构的不同、成立的基数不同，以下进行详述：
一、两者的性质是有所不同的；
1、党支部：是党组织开展工作的基本单元，也就是指党的组织中的最基本的单元。
2、党总支：是中国共产党的基层组织，也就是指比单元的面要大一些。
二、两者的组织架构是有所不同的；
1、党支部：是党的全部工作和战斗力的基础，是团结群众的核心、教育党员的学校、攻坚克难的堡垒，在社会基层单位中发挥核心作用。
2、党总支：由党总支的党员大会选举产生，任期两或三年。一般设书记、副书记及组织委员、宣传委员、纪检委员。
三、两者的成立基数是有所不同的；
1、党支部：凡有正式党员3人以上、50人以下的基层单位，都应当设立党支部。
2、党总支：一般正式党员五十人以上，一百人以下的单位可设立党总支。人数较多的总支部可下设若干支部。
参考资料来源：百度百科-党总支
参考资料来源：百度百科-党支部
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