法律分析：“通过扣缴义务人申报”是指公司可以使用扣缴端软件，获取到纳税人填写的专项附加扣除信息，按月计算应缴应扣的税款后发放税后工资。“综合所得年度自行申报”是指纳税人可以不通过公司即扣缴义务人，而是在次年3月到6月年度汇算清缴时，自行通过个人所得税APP等途径申报其他所得或专项附加扣除。
自行申报主要是给综合所得超过6万元的需要退税或补税的纳税人年度汇缴时提供方便，平常选择通过扣缴义务人申报即可，税款按月在工资中扣缴。不愿意公司从专项附加扣除信息中知晓个人隐私的，或有其他收入所得的也可以根据实际情况选择自行申报
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第十条 有下列情形之一的，纳税人应当依法办理纳税申报：
（一）取得综合所得需要办理汇算清缴；
（二）取得应税所得没有扣缴义务人；
（三）取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款；
（四）取得境外所得；
（五）因移居境外注销中国户籍；
（六）非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得；
（七）国务院规定的其他情形。
扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报，并向纳税人提供其个人所得和已扣缴税款等信息。