严格说来现在这两者没有任何关系了，两者的前身是同一个公司——南京电力自动化设备总厂，后来分为了两家，一个是现在的国家电网下属的自动化研究院，就是南瑞，另一个是
中国华电集团下属的上市公司，就是国电南自。
国电南瑞科技股份有限公司成立于2001年2月28日，是由
南京南瑞集团公司作为主发起人，以南京南瑞集团公司下属三家分公司的资产经过重组，联合其它七家战略投资者共同发起设立，2003年9月24日在
上海证券交易所上市，简称“国电南瑞”。公司目前是
国家电网公司旗下唯一的上市公司，2006年完成股权分置改革工作。
深圳南瑞是南瑞集团收购的，目前安徽电力的三产等也被南瑞收购了。
南瑞继保全称
南京南瑞继保电气有限公司，1995年11月27日由原电力部南京自动化研究所线路保护课题组主要技术人员及退休专家出资组建“南京中瑞通电力自动化有限公司”。 1999 年，重组并更名为“南京南瑞继保电气有限公司”。
2009年12月，南京南瑞集团公司根据国家电网公司的要求，对产业公司进行整合，重组了继电保护技术分公司。目前，南瑞继保和南瑞集团不是一家，南瑞继保独立出来的。