区别如下：
1、“南镇抚司”负责本卫的法纪、军纪。“北镇抚司”传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过司法机构。
2、北镇抚司“专理诏狱”(皇帝钦定的案件)，且拥有诏狱，可以自行逮捕、侦讯、行刑、处决，不必经过一般司法机构。死于酷刑之下者不计其数。
北镇抚司外部任务较多，经常出差全国。北镇抚司外出特务皆为“钦差”。由于北镇抚司直接向皇帝负责，因此地方官员见到北镇抚司的人都是恭恭敬敬，一点不大意，称呼为“上差”或“钦差”。
拓展资料：
南、北镇抚司下设五个卫所，统领官称千户、百户、总旗、小旗。一般军士称为校尉、力士，被称为“缇骑”。缇骑的数量，最少时为1000，最多时多达60000之众。锦衣卫官校一般从民间选拔孔武有力，无不良记录的良民入充，之后凭能力和资历逐级升迁。同时，锦衣卫的官职也允许世袭。
“南镇抚司”负责本卫的法纪、军纪、监察、人员管理等职责，相当于宪兵。
“北镇抚司”专理诏狱，且拥有诏狱，可以自行逮捕、侦讯、行刑、处决，不必经过一般司法程序。另外就是北镇抚司外部任务较多，经常出差全国。北镇抚司外出特务皆为“钦差”。
这两个职位都是明太祖朱元璋在位时为加强中央集权所设置的职位。专门负责侦缉刑事的锦衣卫机构就是“南北镇抚司”。
在明代这个时期最有名的锦衣卫即为北镇抚司十三太保。锦衣卫官校一般从民间选拔孔武有力，无不良记录的良民入充，之后凭能力和资历逐级升迁。同时，锦衣卫的官职也允许世袭，这就使得权利更为集中在少数人的手中了。
本回答被网友采纳区别：
1、北镇抚司对外 。对于官员(包括皇族)的监视,社会与军事情报的汇集,对犯人的逮捕审讯等,由北镇抚司负责。
2、南镇抚司对内。对于锦衣卫自身人员的逮捕审讯,以及军事武器的研发,由南镇抚司负责。
拓展资料：
内容：
1、南北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。
2、校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，被称为“缇骑”。缇骑的数量，最少时为1000，最多时多达60000之众。
3、锦衣卫官校一般从民间选拔孔武有力，无不良记录的良民入充，之后凭能力和资历逐级升迁。同时，锦衣卫的官职也允许世袭。
本回答被网友采纳朱元璋为加强中央集权统治，特令锦衣卫掌管刑狱，赋予巡察缉捕之权，下设镇抚司，从事侦察、逮捕、审问活动，且不经司法部门。
负责侦缉刑事的锦衣卫机构是“南北镇抚司”。其中“南镇抚司”负责本卫的法纪、军纪。“北镇抚司”传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过司法机构。
北镇抚司外部任务较多，经常出差全国。北镇抚司外出特务皆为“钦差”。由于北镇抚司直接向皇帝负责，因此地方官员见到北镇抚司的人都是恭恭敬敬，一点不大意，称呼为“上差”或“钦差”。
明代最有名的锦衣卫即为北镇抚司十三太保。
锦衣卫机构是南北镇抚司，其中北镇抚司传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。
南北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，被称为“缇骑”。缇骑的数量，最少时为1000，最多时多达60000之众。锦衣卫官校一般从民间选拔孔武有力，无不良记录的良民入充，之后凭能力和资历逐级升迁。同时，锦衣卫的官职也允许世袭。