合同补充协议签署在后，一般以补充协议所约定内容为准。
具体依据如下：
1、补充协议中一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以本补充协议为准 ”；
2、依照相关法律规定，当事人协商一致，可以变更合同；
合同的定义和身份关系协议的法律适用：
1、合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议；
2、婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；
3、没有规定的，可以根据其性质参照适用规定。
合同的约束力主要表现为：
1、当事人不得擅自变更或者解除合同；
2、当事人应按合同约定履行其合同义务；
3、当事人应按诚实信用原则履行一定的合同外义务，如完成合同的报批、登记手续以使合同生效。
4、自成立起，合同当事人都要接受合同的约束；
5、如果情况发生变化，需要变更或解除合同时，应协商解决，任何一方不得擅自变更或解除合同；
6、除不可抗力等法律规定的情况以外，当事人不履行合同义务或履行合同义务不符合约定的，应承担违约责任；
7、合同书是一种法律文书，当事人发生合同纠纷时，合同书就是解决纠纷的根据。
综上所述，签订的补充协议和原合同是不存在冲突的，一旦存在冲突的时候那么应当双方进行协商处理，如果双方协议不成的话，那么这个补充协议原则上来说是没有法律效益的。
【法律依据】：
《中华人民共和国民法典》第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
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