药山镇坐落在云南省东北部的昭通市西南部，具体位于金沙江畔，药山山脚，地理坐标为东经102°53′至103°27′，北纬26°32′至27°25′。这个区域处于攀西至六盘水经济开发区域的核心地带，与昆明滇中经济圈紧密相连，并积极参与长江经济带的互动与合作。药山镇距离昆明有280公里，贵阳350公里，成都450公里，西昌160公里，攀枝花200公里，地理位置优越，交通便捷。
药山镇的版图呈东西57公里，南北98公里的矩形，总面积达到3245平方公里。它西北部沿着金沙江与四川省的会东、宁南、布拖、金阳等县相邻，东南方向则与昆明市的东川区和曲靖市的会泽县接壤，东北方向则与昭通市的鲁甸县和昭阳区，通过牛栏江相互隔望，形成了独特的“一山两江”地貌。
药山镇的地势特征是东高西缓，南高北低，最高海拔达到4040米，最低海拔则只有517米，这表明其地形属于典型的亚高山深切割地貌。这样的地理条件为药山镇带来了丰富的自然资源和多样化的生态环境。
药山镇隶属于云南省昭通市巧家县，地处县城东北部，距县城62公里，到镇道路为柏油路，交通方面，东邻小河、新店2乡镇，南邻老店、崇溪、中寨3乡镇，西邻白鹤滩镇，北邻大寨、东坪2乡镇。辖17个村委会。该镇国土面积576750亩（384.5平方公里），最高海拔4041米，最低海拔1800米，年平均气温14℃，适合种植玉米、洋芋、燕麦等农作物。全镇农民以畜牧业收入为主。