办港澳通行证在公安出入境管理机构办理。
2019年4月1日起，往来港澳通行证、往来台湾通行证等出入境证件实行“全国通办”，即内地居民可在全国任一出入境管理窗口申请办理出入境证件，申办手续与户籍地一致。
出入境证件实行“全国通办”后，可以实现三个“都能办”：全国各地都能办，即内地居民可在全国任一出入境管理窗口申办出入境证件，申请材料与户籍地一致，内地居民都能办，即不受户籍地、居住地等条件限制，内地居民均可在异地申办出入境证件。
出国出境证件都能办，往来港澳通行证、往来台湾通行证等都可在异地申办。此外，申请人异地申办赴港澳台团队旅游签注，还可在自助签注机上办理，立等可取。
办理流程
首次办理须本人至当地的出入境管理处提交申请，申请材料有：居民身份证及复印件（用A4纸复印，可复印在同一张纸上）以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张（也可现场拍照，费用自付），同时分别申请赴香港、澳门的签注。
只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。办理时限：自受理之日起10个工作日（首次或非首次申请）。但均不含邮递日（一般在五天左右）以及节假日。
以上内容参考：百度百科-中华人民共和国往来港澳通行证
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