注册资本100万是小规模纳税人，因为在我们国家实际上它的纳税的具体的数额的话，是跟它的注册资本有着直接的关系的，因此是有可能作为小纳税人来进行一个税收方面的缴纳的，并且在会计方面是需要进行一个严格核算的。注册资金1000万的公司可能是小规模纳税人，界定小规模纳税人是按年应税销售额来判断的，小规模纳税人是指年销售额在规定标准以下，并且会计核算不健全，不能按规定报送有关税务资料的增值税纳税人。所称会计核算不健全是指不能正确核算增值税的销项税额、进项税额和应纳税额。根据《增值税暂行条例》及其《增值税暂行条例实施细则》的规定，小规模的认定标准：从事货物生产或者提供应税劳务的纳税人，以及以从事货物生产或者提供应税劳务为主，并兼营货物批发或者零售的纳税人，年应征增值税销售额(以下简称应税销售额)在50万元以下(含本数，下同)的;"以从事货物生产或者提供应税劳务为主"是指纳税人的年货物生产或提供应税劳务的销售额占全年应税销售额的比重在50%以上。对上述规定以外的纳税人，年应税销售额在80万元以下的。年应税销售额超过小规模纳税人标准的其他个人按小规模纳税人纳税。非企业性单位、不经常发生应税行为的企业可选择按小规模纳税人纳税。
《增值税暂行条例实施细则》第三十四条有下列情形之一者，应按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票：（一）一般纳税人会计核算不健全，或者不能够提供准确税务资料的；（二）除本细则第二十九条规定外，纳税人销售额超过小规模纳税人标准，未申请办理一般纳税人认定手续的。