一、两者的原理不同：
1、外源性抗原的原理：此类抗原在被溶酶体降解成短肽后，通过MHCⅡ类分子提呈给CD4+T细胞识别，诱导CD4+T细胞参与的免疫应答。经专职APC摄取，加工，处理，提呈的外源蛋白质均属于此类，抗原识别受MHCⅡ类分子限制。
2、内源性抗原的原理：内源性抗原肽首先与胞质一侧TAP结合，在ATP作用下，孔道的胞质侧开放，内源性抗原肽穿越孔道进入内质网腔。TAP选择性转运8一12肽，这种长度正是MHCI类分子抗原结合槽所能容纳的最适长度。
TAP对这些肽末端残基的性质有一定的要求，即优势选择C端为碱性、极性或疏水性残基的肽段，而这些残基也是与I类分子结合肽的锚着残基。
二、两者的概述不同：
1、外源性抗原的概述：外源性抗原是指APC从细胞外部摄取的，存在于细胞囊膜系统内的蛋白质抗原。
2、内源性抗原的概述：内源性抗原指在抗原提呈细胞内新合成的抗原，如病毒感染细胞合成的病毒蛋白、肿瘤细胞内合成的肿瘤抗原等。
三、两者的作用不同：
1、外源性抗原的作用：在宿主细胞中复制的病毒在宿主细胞中产生的病毒蛋白和胞内感染的病原体等虽属非自身蛋白，但由于存在于胞质内，也称为内源性抗原。
2、内源性抗原的作用：内源性抗原以抗原肽-MHCI类分子复合物形式提呈给CD8+T细胞。经蛋白酶体降解产生的内源性抗原肽必须进入内质网才能与I类分子结合，这一转运过程依赖抗原加工相关转运物。
这是一种位于ER膜上的跨膜蛋白，属ABC转运蛋白家族，由两个亚单位TAPl和TAP2组成，编码基因位于HLAⅡ类基因区中PSMB基因的近旁。
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