三甲医院中，北京协和医院、中国人民解放军总医院、上海交通大学的附属瑞金医院等男科较好。
解释：
1. 北京协和医院男科
北京协和医院是中国顶级的医疗机构之一，其男科在诊疗技术、专业设备以及医疗团队方面均处于国内领先地位。该科室对于男性常见病、多发病以及疑难杂症均有丰富的诊疗经验。
2. 中国人民解放军总医院男科
中国人民解放军总医院是一家综合性三甲医院，其男科在男性健康领域拥有较高的声誉。科室拥有先进的诊疗设备，且医生团队经验丰富，能够处理各种男性疾病。
3. 上海交通大学附属瑞金医院男科
上海交通大学附属瑞金医院男科是上海市的知名科室，其在男性生殖健康、性功能障碍、前列腺炎等疾病的治疗方面有着深厚的造诣。科室注重科研与临床相结合，不断引进新技术，提高诊疗水平。
以上三家医院的男科在国内均享有较高的声誉，但具体的选择还需根据患者自身的病情、地理位置、个人需求等因素综合考虑。患者在就医前可以进一步了解各医院的专家团队、诊疗设备和服务质量，以便做出最适合自己的选择。