新农合门诊自费后报销为：
1、参加新农合的农民持合作医疗证和卡在乡、寸两级定点医疗机构就诊时，由定点医疗机构直接减免门诊补偿费用，门诊医疗总费用减去门诊补偿费用剩余部分有参保农民现金结算；2、参保农民因患慢性病和重大疾病在省、市、区定点医疗机构门诊就诊时，所产生的医疗费用由参保农民的现金结算，经各乡镇合管办初审后上报至区合管办审核，审核后由户籍所在乡镇卫生院录入新农村合作医疗机构垫付资金，之后经区合管办审批后直接划拨到定点医疗机构新农合资金专户。
医保报销比例如下：
1、 统筹基金最高支付限额每人每年100000无。
2、统筹基金起付线标准：三级定点医院800元，二级定点医院600元，一级定点医院200元（乡镇卫生院100元）；
3、统筹基金和个人自负比例：三级定点医院统筹基金支付55%，个人自负45%二级定点医院统筹基金支付70%，个人自付30%；一级定点医院统筹基金支付75%，个人自付25%；乡镇卫生院统筹基金支付90%，个人自负10%。
下列情形就医所发生的医疗费用不列入城镇职工基本医疗保险基金支付范围：
1.在市内定点医院住院，不按规定办理医疗保险住院登记发生的医疗费用，统筹基金不予报销。
2.未按规定办理转诊转院手续的住院医疗费用，不予报销。
3.未填写《异地安置人员申报表》或未经审核批准的异地安置人员，其在统筹地区外发生的医疗费用，不予报销。
4.异地安置人员在非选择的就诊医院住院治疗，或虽在选择的就诊医院住院治疗，但未及时报告所发生的住院医疗费用不予报销。
5.非国家公立医疗机构的医疗费用、非定点医疗机构住院医疗费用、外购药品费用不予报销。
6.境外（含港、澳、台地区）发生的医疗费用不予报销。
7.参保人因缴费、违规等原因停保期间发生的医疗费用，不予报销。
8.违法犯罪、酗酒、自杀、自残、交通事故、医疗事故、工伤、职业病、生育等发生的医疗费用，按有关规定处理，基本医疗保险不予报销。
9.出院后超过30天未来报销的转诊转治、异地就医、因公出差和探亲旅游的住院医疗费用，市医疗保险处不予受理。
综上所述，新农合门诊自费后持就诊材料到医保部门报销。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
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