对于处理建设工程施工合同中的管理费纠纷法律中有以下处理方式：
1、《最高人民法院审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第四条：承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同的行为无效。
人民法院可以根据民法通则第一百三十四条规定，收缴当事人已经取得的非法所得。
2、《最高人民法院审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条：建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
3、《最高人民法院审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条：利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：
（一） 建设工程已实际交付的，为交付之日；
（二） 建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；
（三） 建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。
4、《最高人民法院审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条：当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。
5、《中华人民共和国合同法》第二百六十九条：第二百六十九条建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。
建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。
《中华人民共和国合同法》第二百七十二条：发包人可以与总承包人订立建设工程合同，也可以分别与勘察人、设计人、施工人订立勘察、设计、施工承包合同。发包人不得将应当由一个承包人完成的建设工程肢解成若干部分发包给几个承包人。
总承包人或者勘察、设计、施工承包人经发包人同意，可以将自己承包的部分工作交由第三人完成。第三人就其完成的工作成果与总承包人或者勘察、设计、施工承包人向发包人承担连带责任。
承包人不得将其承包的全部建设工程转包给第三人或者将其承包的全部建设工程肢解以后以分包的名义分别转包给第三人。
禁止承包人将工程分包给不具备相应资质条件的单位。禁止分包单位将其承包的工程再分包。建设工程主体结构的施工必须由承包人自行完成。
6、《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第三百八十八条：再审申请人证明其提交的新的证据符合下列情形之一的，可以认定逾期提供证据的理由成立：
（一）在原审庭审结束前已经存在，因客观原因于庭审结束后才发现的；
（二）在原审庭审结束前已经发现，但因客观原因无法取得或者在规定的期限内不能提供的；
（三）在原审庭审结束后形成，无法据此另行提起诉讼的。
再审申请人提交的证据在原审中已经提供，原审人民法院未组织质证且未作为裁判根据的，视为逾期提供证据的理由成立，但原审人民法院依照民事诉讼法第六十五条规定不予采纳的除外。
7、《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条：当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。
在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。
8、《建筑法》第二十九条：建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位；但是，除总承包合同中约定的分包外，必须经建设单位认可。
9、《建设工程质量管理条例》第二十七条：总承包单位依法将建设工程分包给其他单位的，分包单位应当按照分包合同的约定对其分包工程的质量向总承包单位负责，总承包单位与分包单位对分包工程的质量承担连带责任。
建设工程施工合同纠纷常涉及的一些问题：
一、建设工程施工合同无效的几种情形
1、承包人未取得建筑施工单位资质或者超越资质等级。
建筑施工领域实行严格的资质准入制度，《建筑法》规定了施工企业实行资质强制管理。建设工程质量就是生命，施工企业的施工能力是保证质量的前提，对施工企业的资质管理与审察，是施工建设的基础，无资质和超越资质的企业签订的合同属无效合同。
但是，承包人在工程竣工前取得相应资质等级的，不能作为无效合同处理。
2、挂靠。
没有资质或没有相应资质的实际施工人借用有资质的建筑施工单位名义的，通常说的“挂靠”;由于国家基础建设的大规模上马，城镇化步伐的加快，投融资渠道不畅，建设工程高利润回报加之管理存在很多不足，“挂靠”这一特殊形式就随着建筑业空前繁荣的市场应时而生。
3、必须招标的未进行招投标或中标无效。
《招标投标法》第三条对工程必须进行招标的范围进行了规定，详细的规定在《工程建设项目招标范围和规模标准规定》中。
凡属规定在招标范围的工程未进行招投标的，签订的施工合同无效。
实践中容易出现的问题：一、必须招标的项目，总包土建与安装工程以招标方式，而附属工程如装饰工程由建设单位直接发包，那么，该直接发包的合同也属无效合同;二、必须招标的项目，总包中标后，建设单位基于各种情况将总包工程中的部分工程直接指定给第三方施工，建设单位与第三方签订的施工合同也属无效。
《招标投标法》第五十、五十二、五十三、五十四、五十五、五十七条规定了中标无效的六种情形。该法第四十五条第二款规定，中标通知对招标人和投标人具有法律约束力。中标是发包人与承包人签订施工合同的前提条件，中标无效必然导致施工合同无效。
4、违法分包。
施工总包单位进行项目分包很常见，但违反规定的分包也可导致分包合同无效。
认定违法分包，其标准就是《建设工程质量管理条例》第七十八条规定的几种情形：一、总包单位将工程分包给不具备相应资质的单位或个人的属违法分包;二、总包合同中未约定，又未经建设单位认可，总包单位将部分工程交其它单位完成的;三、总包单位将工程主体结构的施工分包的;四、分包单位进行再分包的。
5、转包。
《合同法》第二百七十二条、《建筑法》第二十八条都明确规定禁止转包工程项目，《建设工程质量管理条例》第二十五条规定了不得转包工程。
该条例第七十八条规定了转包是指承包单位承包建设工程后，不履行合同约定的责任和义务，将其承包的全部建设工程转给他人或将其承包的全部建设工程肢解以后以分包的名义分别转给其他单位承包的行为。