上海市外来人口综合保险卡的余额可以通过以下几种方式查询：
1. 电话查询：可以拨打上海市社保局的电话，然后根据语音提示输入身份证号码和密码进行查询。
2. 网上查询：登录上海市社保局的官方网站，在个人账户页面输入身份证号和密码，即可查询到保险卡的余额。
3. 社保中心查询：可以携带身份证到就近的社保中心大厅进行查询。
4. 使用自助查询机：在一些社区或社保中心，会有自助查询机，使用身份证就可以查询保险卡的余额。
为了确保查询成功，需要准备好个人的身份证号码和密码。如果忘记了密码，可以通过社保局的网站或电话进行密码重置。以上查询方式都非常方便，可以根据实际情况选择最适合自己的方式。