《神奇宝贝》（Pocket Monsters）共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟、丰缘地区丰缘联盟、
神奥地区神奥联盟五篇，其中城都联盟还包括了一小段漩涡列岛大赛的故事。在橘子群岛时，
小刚留在内木研究所，换小建和小智、小霞一同旅行，直到城都联盟，才又由小刚归队，一直到神奥联盟
神奇宝贝的概念起源于一种日本的流行的娱乐方式—昆收集(insect collecting)，当神奇宝贝的创始人田尻智小的时候，他就很喜欢这类消遣。这种理念在1998年被 带入了美国市场，这种游戏允许游戏者捕捉，收集，培养数百只生物，也就是通常所说的神奇宝贝；与其它神奇宝贝战斗以增长力量。这些神奇宝贝会在得到更多力 量后进化，成为更强大的神奇宝贝，学到新的更强大的招式。在战斗中神奇宝贝从来不会流血或死亡，只是会晕倒（游戏中称“失去战斗能力”）。这对田尻智来说 是一个敏感话题，因为他不想让这个游戏世界充满更多“毫无意义的暴力”(pointless violence)。
目前神奇宝贝大致可以分成游戏、动画、漫画、相关产品等部份。神奇宝贝同时也是神奇宝贝世界所有虚构出来的物种所拥有的共同的名字，另外，目前神奇宝贝共有493种
《神奇宝贝超世代》（Pokémon Advanced Generation）共分为丰缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，《神奇宝贝超世代》和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而
小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得优胜缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。
在《神奇宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl）中，新人训练家
小光为了成为顶尖的协调训练家，而从双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达了神奥地区，并在那里和小刚再度会合。在机缘巧合下，小光救了小智的
皮卡丘，三人于是并一同结伴旅行，展开了在神奥地区的冒险。和以往不同的是，小光的戏份大幅增加，在历代女主角中，还是第一个有办法和小智的戏份相提并论的。
是个在各地都十分有名的神奇宝贝研究员，对小智十分照顾，擅长神奇宝贝川柳的造句，全名为大木雪成，顺便一提，真新镇的镇长大木真新(动画未豋场)为其长兄。
乔伊小姐：各地神奇宝贝中心的女护士，皆有亲戚关系，每个人长相都很相似。助手多为吉利蛋或幸福蛋。
君莎小姐：各地的女警察，跟乔伊一样，各地君莎皆有亲戚关系且长相相似。助手多为卡蒂狗。
樱花、苍蒲、牡丹：小霞的三个姐姐，三个个性皆十分活泼，粗枝大叶，为华蓝道馆的训练家。因出门旅行，由小霞掌管道馆。
道馆训练家：小智为参加联盟大赛而必须挑战的对手，从各地道馆中集齐八个道馆徽章，进而参加联盟大会。
四天王&冠军：实力凌驾在道馆训练家之上的训练家，小智等人曾数次在各个地方遇过。
阿渡：四天王冠军，世界首屈一指的训练家。同时也是神奇宝贝搜查官的成员。在EP、AG中客串，每次登场均和邪恶组织关联。
火箭队（港译：
火箭兵团）：邪恶的秘密组织，企图利用神奇宝贝征服世界。
坂木：火箭队的创始人，也是常磐市道馆的馆主(已离开)，另外旗下还有很多的公司、游乐场等等。
亚马多&小三郎：火箭队的队员，他们两个搭档共同抢夺神奇宝贝贡献给火箭队，不过常因为
武藏等人的扰乱而失败。
鲤鱼王大叔：游走各地，专门骗钱的神奇宝贝小贩，火箭队两人一猫组曾被他骗过多次。方法一般是骗人说他卖的鲤鱼王会产金蛋。也将鲤鱼王化装成笨笨鱼过。还卖过过期的强制进化装置。
内木博士：橘子群岛的神奇宝贝研究员，一旦热衷研究就什么都不管。GS球的发现者。
空木博士：城都地区的名研究员，是个一旦开始研究就什么事都不管的人。
阿彻：曾经和小智等人一同旅行的天才少年摄影师，后在城都联盟曾为了拍摄急冻鸟，再度和小智等人结伴而行。
樱花：小智等人在城都地区的圆朱市遇到的少女，
伊布五姊妹的老么，拥有太阳精灵。和小霞的大姊同名，并与小霞关系十分友好。
达马岚其会长：神奇宝贝联盟的会长，是个地位崇高的老人。
小田卷博士：丰缘地区的名研究员，喜欢在野外作实地观察。
千里&美津子：小遥和小胜的父母，千里为橙华市橙华道馆的道馆训练家。
火岩队&水舰队：《神奇宝贝超世代》中的邪恶组织，企图利用超古代神奇宝贝的力量，来达成自己的理想世界，两队为敌对关系，目前已解散。特征是穿着红色和蓝色的队服。
薇薇安：丰缘地方的华丽大赛主持人，十分会炒热气氛，被称为本世纪最有活力的女主持人，特征是左眼下方有颗痣。和大会事务局长康肯斯坦、神奇宝贝俱乐部的须木佐先生、及各地乔伊小姐经常共事。
莉莉安：关都地方的华丽大赛主持人，被称为本世纪最行动派的女主持人。薇薇安的妹妹，特征是右眼下方有颗痣。
亚希达先生：对战开拓区的设立人，鼓励小智挑战对战开拓区。
开拓之脑：掌管对战开拓区各个设施的首脑，共有七项设施。
彩子：小光的妈妈。以前曾经拥有神奇宝贝协调家第一名的荣耀，现在是一位家庭主妇。常常以神奇宝贝华丽大赛前辈的身分给小光许多建议。拥有魅力喵。
山梨博士：在神奥地方研究神奇宝贝的进化，是大木博士的大学学长。是位面恶心善，打从心底喜爱神奇宝贝的老爷爷。神奥地方的新人训练家一岀发时，都要前来和他拿取最初的神奇宝贝。
百安：神奥地方的华丽大赛主持人，风格俏丽有活力，被称为本世纪最华丽的女主持人。和薇薇安与莉莉安的关系目前不明。
银河队：《神奇宝贝钻石&珍珠》中的邪恶组织，企图利用超古代神奇宝贝的力量。队长竟然是一个大公司的老板。银河队的特征是华丽装饰。
猎人J：《神奇宝贝钻石&珍珠》中的神奇宝贝猎人，与众多手下组成非法的捕猎团，经非法捕捉神奇宝贝后，一般会进行交易或作个人收藏之用。特征是戴着黑色墨镜的女子。
南波博士:他是帮助亚马多&小三郎制造武器,第一次帮他抓神秘神奇宝贝
洛奇亚母子的计划，但最后以失败收场,第二次在神奇宝贝钻石&珍珠又再抓次河马兽拿它的沙子来做研究,最后还是失败收场后就消失在大家的面前了。其目的是为了强制提示神奇宝贝的力量。名字经常被叫错。
米可利：前身是丰缘地方琉璃道馆的道馆馆长、丰缘地方的冠军。被誉为华丽大赛大师，在各地定期举办被名为米可利杯的神奇宝贝华丽大赛。他高贵的实力与优雅身段使许多女性为之倾倒，小遥与小光也包括在其中。