彭明敏于1923年8月15日生于台中市大甲区,祖籍台湾省高雄市。彭氏家族是五代以前从福建迁到台湾的。从其祖父开始,彭氏家族就是台湾基督教长老教会的成员。彭明敏的父亲最初在台中市大甲区行医达18年,并拥有了大量的田产(以当时计量约合40甲以上),此后才回到高雄。彭明敏排行家中老么,父亲彭清靠在台北医学校毕业后便在大甲行医济世,家中有很深的基督教信仰。与长老教会有长期与良好的关系。
彭明敏自幼就读建成小学,后进入高雄中学就读,但是后来因为与教官的冲突而转入兵库县的关西学院就读,毕业后考取第三高等学校预科。彭明敏就读第三高等学校时沉迷于法国的自由思想之中,并且有意攻读法国文学;但是因为家人的要求之下,于大学时就读东京帝国大学政治科。
1944年,日本政府取消原本文科大学生的缓征令,彭明敏本人也在征召的名单之中;彭明敏由于不愿意为日本人服役,于是前往长崎投靠长兄;而在前往长崎的途中,彭明敏所搭乘的船只由于受到美军轰炸,而失去左臂(后来终生装上义臂)。在彭明敏于长崎长兄家疗伤之时,彭明敏目睹了8月9日美军对长崎投掷原子弹的历史事件。 日本战败后彭明敏回到台湾,并且进入台湾大学政治系就读并于1948年毕业;而在这一段期间,彭明敏经历了“二二八事件”,但是“二二八事件”对于彭明敏父亲彭清靠的影响则更为重大;当时彭清靠参加高雄市的“二二八事件处理委员会”,而这时彭孟缉的军队进入高雄市,对于处理委员会参与者进行残杀,对彭清靠造成以下的影响:
彭明敏毕业于台大后首先于第一银行就职,但因不适应而回到台大担任助教;之后,彭明敏出国深造,首先于加拿大麦吉尔大学(McGill)取得硕士文凭,之后于法国巴黎大学取得博士学位。彭明敏于这段期间的主要研究对象为太空法与国际法等范畴。开始萌生反对意识:“台湾自救运动宣言”的撰写 彭明敏回国后,便于台大政治系担任副教授;三十四岁时升为正教授,三十五岁时出任台大政治系主任,是战后台湾大学历史上最年轻的正教授与系主任。不久又被聘任为“国科会”的讲座教授,以及首届的台湾十大杰出青年。1961年彭明敏甚至于被派任为联合国大会台湾当局代表团的顾问。但是彭明敏也说,“当官方对我愈表示信任时,正是我心里对于整个政局的疑虑愈加深时。在政府里面,想法似乎也分裂着。”彭明敏也阐述了他最原始的观点:
彭明敏便和当时为“国立”政治大学政治学研究所研究生的谢聪敏、“中央研究院”研究助理的魏廷朝三人共同起草一份“台湾自救运动宣言”,主要内容为“反攻大陆”是绝对不可能,并要求制定“新宪法”,建立责任“政府”,保障基本人权,实现真正民主,并以“新国家”身份加入联合国。彭明敏等三人决定以邮寄方式将宣言寄给台湾各界领导者,但是在印刷时事洩,三人于1964年9月20日被捕。1965年2月三人被正式起诉,彭明敏被判八年有期徒刑;由于其辩护人梁肃戎事先与国民政府从中协调,在彭明敏向政府悔过输诚,承诺不再搞台独的情况下,蒋介石特赦彭明敏,(此事实在当时的彭明敏辩护时及政府资料中应有相关证据,见梁肃戎回忆录《大是大非》第168-175页)但是随后彭明敏的生活便受到特务的监控。而这段期间中美国密西根大学也有意聘请彭明敏任教,但是因为国民党当局阻挠而无法成行。 1969年彭明敏开始计划逃离台湾,在友人的协助下 ,于1970年1月逃至瑞典,后于1970年9月转赴美国密西根大学中国研究中心担任研究员。1972年彭明敏出任“台湾独立建国联盟”主席,但是一年后便辞职:1978年,彭明敏成为“台美协会”的董事,并于次年“与台湾关系法”的立法过程中在众议院公听会作证;1981年,彭明敏与其他台美人组成“台湾人公共事务协会”,并且多次要求美国政府向国民党当局施压,要求国民党解除长年的戒严令;而彭明敏之后也长期出任“台湾人公共事务协会”的会长一职,因在海外坚持推行台湾“独立”理念,因而有“台独教父”之称。