随着整个宇宙范围内负能量的不断增强，众多怪兽纷纷开始蠢蠢欲动。梦比优斯奥特曼、希卡利奥特曼、艾斯奥特曼、泰罗奥特曼等奥特曼在怪兽墓场为阻止黑暗皇帝的复活，而拿出了千兆格斗仪，但击败敌人后，却丢失了，终极战斗仪终被扎拉布星人所取得。梦比优斯奥特曼外出巡逻，追杀并击败了怪兽百慕拉后返回了故乡光之国，却被佐菲奥特曼等人告知异常情况的突发。
由宇宙警备队负责看押的宇宙监狱中的邪恶奥特曼贝利亚，在扎拉布星人的帮助下越狱成功。之后，贝利亚奥特曼杀死了扎拉布星人，并抢夺了扎拉布星人所盗取的千兆格斗仪。贝利亚奥特曼为了复仇回到光之国，他手持终极战斗仪，开始逞凶作恶。
手持终极战斗仪的贝利亚奥特曼在击倒了泰罗奥特曼之后，单枪匹马闯入光之国，力克群雄，并将梦比优斯奥特曼轻松捆绑，丢到了光之国以外。在打败了宇宙警备队队长佐菲奥特曼后，贝利亚奥特曼进入了等离子火花塔内部，尽管杰克奥特曼、艾斯奥特曼、爱迪奥特曼三人奋力抵抗，但却被弹走了合体光线而落败。
此后，贝利亚奥特曼使用诡诈之术击败了奥特之父，夺走了光之国人工太阳的能量核。在此关键时刻，泰罗·奥特曼挺身而出，用自己的身体保护了光之国最后的光芒。但是，失去了能量核的光之国，就此开始进入了冰封期……
为了使光之国重获光明，光之国最后剩余的活口梦比优斯奥特曼按照初代奥特曼和赛文奥特曼的指引，前往寻找与贝利亚一样、具有雷布朗多基因的地球的雷奥尼克斯战士——雷。梦比优斯·奥特曼化身为人间体——日比野未来，雷从未来那里听说了光之国的历史以及贝利亚的企图，他决定远赴光之国，帮助未来打倒邪恶的贝利亚奥特曼。当雷来到光之国时，展现在他眼前的，是极寒的冰封世界。众多的奥特曼战士都被封冻在了冰层之中。
与此同时，贝利亚奥特曼利用等离子火花的力量从怪兽墓场唤醒了大批的怪兽，集结了一支怪兽军团。
雷和未来与暂时只能以人类形象早田和诸星团出现的初代奥特曼、赛文·奥特曼会合，在前往等离子放电塔的途中，他们受到了由贝利亚派来的宇宙人和怪兽们的阻挠。一番激战之后，四人终于到达了等离子火花塔。梦比优斯奥特曼、初代奥特曼和赛文奥特曼利用泰罗·奥特曼豁出性命保护的希望之光，恢复成奥特曼的形态，同雷一起，奔赴怪兽墓场。
正义之战开始了！上千头怪兽一并向着梦比优斯奥特曼等人进攻过去，梦比优斯奥特曼、初代奥特曼和赛文奥特曼奋力抵抗，双方陷入了僵持。与此同时，贝利亚奥特曼复活的杰顿星人袭击了盘龙号，正在此危机关头，穿越时空飞鸟信挺身而出，以拳脚打倒了杰顿星人，并变成了戴拿奥特曼，击倒了宇宙龙纳什，带领盘龙号穿梭前往了怪兽墓场。
由于贝利亚的挑唆，雷在战斗中一度陷入失控状态。紧要关头，宇宙飞船盘龙号赶到了！戴拿奥特曼拼死拖住贝利亚，与其展开作战。在伙伴们的努力呼唤下，雷终于醒清过来。
另一边，赛文·奥特曼为了保护雷和雷的伙伴们而中了贝利亚的科学的超电磁炮，身负重伤，与此同时，戴拿奥特曼面对手持终极战斗仪的贝利亚奥特曼，也渐渐抵敌不住……
此时，赛文奥特曼的儿子赛罗·奥特曼正在遥远的K76行星刻苦训练。在模糊的意识中，赛文·奥特曼投出自己的头镖，将光之国面临重大危机的信息传达给儿子赛罗奥特曼。于是，在奥特之王的命令下，赛罗·奥特曼赶赴怪兽墓场，凭借着大爆发，战胜了穷凶极恶的贝利亚奥特曼。可是，战斗并没有就此完结！怪兽墓场出现了最可怕的强敌。
《宇宙英雄之超银河传说》剧情主要讲述数万年前，奥特曼家族的一员——“贝利亚·奥特曼”被雷布朗多星人附体，成为了奥特曼的雷奥尼克斯。在光之国掀起叛乱，最终被奥特之王关入宇宙监狱。谁知在扎拉布星人的帮助下，拥有邪恶之心的贝利亚奥特曼竟越狱成功，袭击了光之国。贝利亚奥特曼获得了能够操控一百只强大怪兽的道具-千兆格斗仪，奥特之父、以及众多奥特曼勇士都被他所打倒。面对银河的最大危机，幸存的梦比优斯·奥特曼、穿越时空的传说英雄戴拿奥特曼和地球的雷奥尼克斯-雷、以及新生战士赛罗·奥特曼（赛文奥特曼的儿子）与贝利亚奥特曼一决雌雄。最后贝利亚奥特曼并没有死，它在后续的作品中陆续登场，并成为了《超决战！贝利亚银河帝国》的最终BOSS。
