自行选择并固定在其中一处任职受雇单位所在地的主管地税机关办理纳税申报，将两处取得工资合并后，按个税法规定的税率计算出应纳税额，填写相应表格送交选定单位，由选定单位在发放工资时代扣代缴。
《个人所得税法实施条例》
第三十六条 纳税义务人有下列情形之一的，应当按照规定到主管税务机关办理纳税申报：
（一）年所得12万元以上的；
（二）从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的；
（三）从中国境外取得所得的；
（四）取得应纳税所得，没有扣缴义务人的；
（五）国务院规定的其他情形。
年所得12万元以上的纳税义务人，在年度终了后3个月内到主管税务机关办理纳税申报。
纳税义务人办理纳税申报的地点以及其他有关事项的管理办法，由国务院税务主管部门制定。
按照规定，这种情况应该由取得工资的个人自行按照两个工资加一起作为当月工资薪金所得向税务局申报纳税。
实际中，你可以把两家公司的工资和在一起计算应缴纳的个人所得税申报缴纳，另一家不申报个税，你总的应交的所得税正确就行。