满清八旗由爱新觉罗氏掌控,旗主的更迭是皇帝世袭,其他旗主可由皇帝随意指认。
具体来说,掌控满清八旗都是努尔哈赤的后代,其弟舒尔哈齐的后代。有人特别强调,八旗分为满族、蒙古、汉族,共计二十四个旗子。不过,汉八旗、蒙古都没有自己的旗主,蒙汉八旗都是由旗主来管理,也就是爱新觉罗氏掌控。
努尔哈赤起事后,首先组建了一支军队,使用的是黑色旗,后来由于在黑夜里不好辨别,而将旗帜的颜色改成了蓝色。他随后又把附近许多部落都剿灭,组建了一个新旗,旗帜的颜色是红色的。
努尔哈赤把自己的黑旗传给了自己的亲弟弟舒尔哈齐,让他亲自指挥。努尔哈赤自己则指挥红色旗的队伍,后来使用红色旗的队伍变成了使用黄色旗帜,也就是大家熟悉的正黄旗。
这时八旗的雏形正式诞生。主要的两面旗,一面是努尔哈赤,另一面是他的亲弟舒尔哈齐。
皇太极继任太祖,是八旗旗主共同推举的,并不是太祖陛下的旨意,当时皇太极已将正黄、镶黄两旗戴在头上。继位之初,正红、正蓝、镶蓝旗主,与太宗并驾齐驱,掌朝政时,都是和皇太极并肩而坐。
皇太极在权力和政治上的联合之下,逐渐地蚕食了其他旗主的力量,成为了皇太极一族的天下,统一了朝堂,皇太极一脉继承了皇位,所以,在大清灭亡之前,两黄旗都是由皇帝执掌,所以,正黄和镶黄两旗都是世袭的。
到了雍正,除了两黄、正白三旗以皇帝为旗主,其余的旗主都成了皇帝可以随意册封的虚衔,八旗制度也彻底名存实亡。