昆明南站主要办理云桂、昆玉、渝昆、成昆、沪昆客专作业。车站北端衔接沪昆客专、渝昆、枢纽客车线及动车出入段线,南端衔接云桂、昆玉线,总规模按16台30线设计,铁路车场采用四场布置:沪昆客专布置在靠诚实一侧,规模为8站台面8线;昆玉、渝昆合设一个车场布置在靠西侧的中间场、规模为8站台面8线;环滇列车场布置在靠东侧的中间场,规模为4站台面4线;东侧车场为云桂、成昆车场,规模为10站台面10线。东南环客车联络线上、下行分别在车站南北端进行疏解。
车站设基本站台面一座(450*18*1.25),中间站台15座(450*12*1.25)。
本站轨顶标高为1942.0m,城市轨道交通站与客站中心垂直立体交叉、车站北端呈贡县洛羊镇配套建设动车运用所、综合维修段等设施,昆明南客运站车站、站房纳入云桂工程,动车走行线、东侧运用所及综合维修段等纳入沪昆工程。