主治医师省线分数和国家分数线划定标准不同、适用人员不同、适用范围不同。
划定标准不同：考生在连续2个年度内同一专业4个科目的考试成绩均达到乡镇卫生院内科主治医师考试合格标准的，可取得乡镇卫生院内科主治医师资格。
适用人员不同：省内分数线一般只适用于省乡镇卫生院(社区卫生服务中心)、村级社区卫生服务站、村卫生室等农村医疗卫生单位(不在县、市、区的城区内)工作的本年度应试人员。而全国主治医师适用于全国范围内参加内科主治医师资格考试的人员。
适用范围不同：通过省内分数线证书本省内有效，不适用其他医疗卫生单位，不能用于申报卫生系列县级副高级专业技术资格及全区通用副高级专业技术资格的依据。通过全国主治医师资格考试分数线，取得证书在全国范围内有效，适用于全国范围内医疗卫生单位，可以作为申报高级专业技术资格的依据。
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