对病毒已整合到肝细胞内，抗病毒治疗无效者，采用免疫调节治疗，可以减轻细胞毒素对肝细胞继续损害。
（1）免疫促进剂①胸腺素：临床常用的胸腺素是从小牛的胸腺中提取，具有兴奋细胞免疫与调节体液免疫的作用，一般用于重肝与慢肝的治疗。
②抗乙肝转移因子：淋巴细胞产生的淋巴因子中的一种，分子量低，无抗原性。能将特异性细胞免疫从供体转移给受体，起到一种免疫信息作用，其疗效正在观察中。其用法是抗乙肝转移因子2ml肌内注射，每日1 次，连用3 个月为一个疗程。
③左旋咪唑：主要是提高细胞免疫，对体液免疫无影响。当人体的丁淋巴细胞和巨噬细胞功能降低时，用此药物治疗可增强细胞免疫力。
④特异性免疫核糖核酸（iRNA）：采用此药治疗的目的是提高慢性肝病患者的特异性功能，增强机体的免疫力，清除乙肝病毒，中止乙型肝炎的慢性感染状态。其用法是每周2 次，每次2mg，4 ～ 6个月为一疗程。该法能降低表面抗原滴度，促进e 抗体转阴，清除病毒。
⑤猪苓多糖：为中药猪苓中提取的有效成分，实验证明有减轻肝损伤及促进肝脏再生的作用。
（2）免疫抑制剂①肾上腺皮质激素（泼尼松、泼尼松龙、地塞米松等）：激素治疗病毒性肝炎的新概念是抑制迟发型免疫反应，可使胸腺萎缩，破坏、从而减少淋巴细胞的生成。激素可增加肝糖原，促使肌肉和骨骼的蛋白质分解，相反，在肝内可促使肝细胞合成蛋白质。
文献报道小剂量激素能促进机体巨噬细胞的吞噬作用，中、大量激素有抑制细胞的吞噬功能，故患者长期使用激素易发生继发感染。激素有保护肝脏细胞的溶酶体膜和线粒体的作用，并能促进毛细管内胆汁的排泄，故而有退黄利胆的作用。本品有抑制抗体产生，招致形成肝炎病毒携带状态的可能，故应严格掌握适应证。慢性活动性肝炎应用激素的指征为：a. 病情反复波动，伴有肝外自身免疫状态的症状和体征，如慢性多发性关节炎、慢性肾小球肾炎、慢性溃疡性结肠炎、桥本氏甲状腺炎、脉管炎、皮肌炎等；b. 肝功能异常，如血清球蛋白明显增高，A/G 倒置，转氨酶反复异常，且AST ∶ ACT>5 ∶ 1，伴黄疸经其他治疗无效者；c. 免疫球蛋白明显增高，类风湿因子（RF）和自身抗体（如抗平滑肌抗体、抗核抗体、抗线粒体抗体、抗甲状腺抗体、抗肾抗体、抗胆管抗体、抗心肌抗体等）
持续阳性者；d.HBV 标志以阴性为宜；e. 无激素治疗禁忌证者（如高血压、糖尿病、溃疡病、高脂血症等）；f. 慢性淤胆型肝炎等。
②强力宁、甘利欣：该类药物具有肾上腺皮质激素样作用而无其他的副作用，具有调节免疫功能，减轻肝细胞变性坏死，防止纤维化形成，促进肝细胞再生，并有解毒、抗炎、利胆、抗变态反应作用，对各类型肝炎均可使用，疗效较好。