1952年前校长
缪荃孙1902年- （三江师范学堂总稽查）
李瑞清1905年-1912年（两江师范学堂监督）
江谦 1914年-1919年（南京高等师范学校校长）
郭秉文1919年-1925年（南京高等师范学校与国立东南大学校长）
张乃燕 1927年-1930年（第四中山大学、江苏大学、中央大学校长）
朱家骅1930年-1931年（国立中央大学校长）
罗家伦 1931年-1941年（国立中央大学校长）
顾孟余 1941年-1943年（国立中央大学校长）
蒋介石1943年-1944年（国立中央大学校长）
顾毓琇1944年-1945年（国立中央大学校长）
吴有训1945年-1947年（国立中央大学校长）
周鸿经 1948年-1949年（国立中央大学校长）
梁希1949年-1949年（国立南京大学校长）
潘菽1949年- （国立南京大学校长）
1952年前工科负责人
1920年－1921年 南京高等师范学校工艺专修科、国立东南大学工科主任杨杏佛
1921年－1924年 国立东南大学工科主任茅以升
1924年－1925年 河海工科大学校长茅以升
1925年－1927年 河海工科大学校长杨孝述
1927年－1931年 第四中山大学、江苏大学、中央大学工学院院长周仁
1931年－1932年 中央大学工学院院长顾毓琇
1932年－1944年 中央大学工学院院长陆志鸿
1944年－1945年 中央大学工学院院陈章
1946年－1947年 中央大学工学院院长刘敦桢
1947年－1948年 中央大学工学院院长陈章
1948年－1949年 中央大学工学院院长卢恩绪
1949年－1952年 南京大学工学院院长钱钟韩
1952年后校领导
1952年－1956年 南京工学院院长兼党委书记汪海粟
1957年－1959年 南京工学院党委书记、副院长杨德和
1959年－1968年 南京工学院第一书记兼院长刘雪初
1973年2月—1974年10月 南京工学院革委会主任何冰皓1974年11月—1975年5年 南京工学院革委会主任林克
1978年5月—1979年8月 南京工学院院长盛华1979年—1979年 南京工学院党委书记兼院长吴觉
1979年－1983年 南京工学院院长钱钟韩
1983年12月—1986年12月 南京工学院院长管致中
1985年－1993年 南京工学院院长、东南大学校长韦钰
1993年11月—1997年10月 东南大学校长陈笃信
1997年10月—2006年6月 东南大学校长顾冠群
2006年6月—至今 东南大学校长易红
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