个税专项扣除作废重新填报后不影响年终汇算清缴。因为目前我国的个人所得税是采取“预申报预缴，年度终了汇算清缴“的方式，所以只要符合规定的专项扣除项目，年度期间均按最后填报的专项扣除项目做年度扣除。
拓展资料：
关于办理2020年度个人所得税综合所得汇算清缴的通知：
依据政策，符合规定的情形需办理年度汇算进行退税或补税。
刚刚，国家税务总局公告2021年第2号明确：手机“个人所得税APP”3月1日起将开通申报2020年度个人所得税年度汇算清缴功能，申报截止日期是6月30日。
如需委托单位代办汇算清缴，应于2021年4月30日前与单位进行书面确认，补充提供其2020年度在本单位以外取得的综合所得收入、相关扣除、享受税收优惠等信息资料。
个人所得税专项扣除填报记录作废了如何重新申请？
个税app上申报的信息作废了，重新进行申报即可恢复。当个人发现申报有误，可通过个人所得税APP，自行完成个税信息的更正申报与作废申报。
个人如何办理个税扣除申报一共有两种方式。一是由单位代扣。纳税人愿意将自己的相关专项附加扣除信息提供给单位，单位在每个月发放工资时，就可根据个人申报情况进行扣除。
二是自行申报办理。纳税人只要结合自己的实际情况申报相关信息就能享受扣除。也可以在第二年汇算清缴时，自行到税务机关申报信息办理扣除。
纳税人享受特殊额外扣除政策只需要填写相关信息扣缴单位（在收入扣缴）或税务机关（在明年的最终结算收入扣缴）根据不同时间点他们选择享受特殊额外扣除政策。其他情况由纳税人自行留存备查。
无论在哪个时间点享受，都有多种提交信息的方式。纳税人可以选择通过手机或税务局网站等远程处理终端报送信息，也可以选择通过电子报表或纸质报表报送信息。
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