上海港货物吞吐量达到3.79亿吨，与2003年同比增长19.8%，约占全国规模以上沿海港口吞吐量15%，超过了荷兰鹿特丹港（约3.54亿吨），成为仅次于新加坡港（3.88亿吨）的世界第二大货运港口。
2004年上海港集装箱吞吐量完成1455.4万TEU（标准箱），较2003年增长29%，约占全国规模以上沿海港口集装箱量的24%，超过深圳港，居香港、新加坡港之后列世界第三。
此外，2004年上海港内河货物吞吐量完成1.06亿吨，同比增长7.3%。 上海港货物吞吐量升至世界第二 集装箱吞吐量位列世界第三。
2004年上海港全年新开国际集装箱班轮航线33条，其中欧洲、北美、中东、澳洲等远洋班轮航线21条，通达世界12大航区，与近200多个国家和 地区的500余个港口建立了业务往来。目前平均每月始发的国际国内航班密度已达1716班，其中国际航班827班。 上海港货物吞吐量完成5.82亿吨，同比增长3.6%，继续保持世界第一。其中集装箱吞吐量完成2,800.6万标准箱，同比增长7.1%，货物吞吐量完成3.68亿吨，同比增长4.5%；外贸吞吐量完成2.55亿吨，同比增长9%；其中外贸进口完成1.2亿吨，外贸出口完成1.34亿吨，同比分别增长9.6%和8.5%，仍位列世界第2。而外高桥港区集装箱吞吐量再次突破1500万标箱，为上海港集装箱吞吐量稳居世界第二位作出了重要贡献。洋山深水港区集装箱吞吐量完成823万标准箱，同比增长34.7%，水水中转比重达到50%。
上海港全年引领各类中外船舶6.19艘次，同比增加2,100艘次。
因受国际金融危机影响，上海港集装箱货轮出入境数、集装箱吞吐量与2007年相比都略有下降。2008年，外高桥口岸共办理出入境船舶1.727万艘次、出入境人员24.3万人次，与2007年相比分别下滑3%和7%。这也是外高桥港区集装箱货轮出入境数、出入境人员、集装箱吞吐量在经历了近10年的快速增长后，首次出现数据下滑。专家分析，此次金融危机对全球的影响已通过贸易扩散至航运市场。为降低成本，不少航运公司采取了减少航线运力、船舶减速等多种手段，以降低企业经营成本。 1月份：上海港货物吞吐量3862万吨，同比减少19.2%。其中，海港货物吞吐量3358.8万吨，同比减少19.8%，内河货物吞吐量503万吨，同比减少15.0%；全港外贸货物吞吐量1596.4万吨，同比减少28.8%，内贸货物吞吐量2265.4万吨，同比减少10.8%。全港集装箱吞吐量190.1万标准箱，同比减少19.3% 。
2月份：上海港货物吞吐量3547.5万吨，同比减少13.9%。其中，海港货物吞吐量3053.90万吨，同比减少19.23%，内河货物吞吐量493.60万吨，同比增加45.52%；全港外贸货物吞吐量1475.20万吨，同比减少21.22%，内贸货物吞吐量2072.30万吨，同比减少7.80%。 2月份，全港集装箱吞吐量152.80万标准箱，同比减少17.72%；国际出口航线46.20万标准箱，同比减少29.79%，国际进口航线71.40万标准箱，同比减少1.65%。
2009年全年
2009年，上海港货物吞吐量达到5.9亿吨，集装箱吞吐量达到2500万标准箱，分别位居世界第一、第二位。
2010年
2010年，上海国际航运中心建设各项工作全面推进，在优化航运集疏运体系、完善航运服务功能、建设国际航运发展综合试验区等方面，取得了一定进展。随着国内经济企稳回升、欧美市场复苏、世博会对经济的拉动以及相关政策效应显现，上海港集装箱和货物吞吐量增长显著。根据快报数据显示，去年上海港完成集装箱吞吐量2905万标准箱，超过新加坡港50万标准箱左右，首次成为世界第一大集装箱港；“枢纽港”重要标志的集装箱水水中转比例达37.7%；货物吞吐量完成6.5亿吨左右，继续保持世界第一。
2011年
2011年，上海国际航运中心建设取得重大突破，上海口岸在全球的影响力进一步提升。据统计，2011年上海港全港货物吞吐量7.3亿吨，同比增长11.4%，集装箱吞吐量首次突破3000万标准箱，达到3174万标准箱，同比增长9.2%，上海港成为世界第一个集装箱吞吐量超过3000万标准箱的港口，货物吞吐量和集装箱吞吐量继续保持全球双第一地位。全球排名前20家班轮公司都有分支机构入驻上海。洋山深水港北港区和外高桥四、五、六期工程相继投入使用，上海港海港码头泊位数量达到1160个，泊位长度达到119.2千米。长江口深水航道整治三期工程顺利完成，航道水深达到12.5米；长三角内河高等级航道整治工程全面启动。
2012年
2012年上海港货物吞吐量为7.36亿吨，同比增长1.1%；集装箱吞吐量报3252.9万TEU，同比增长2.5%，宁波舟山港为7.44亿吨，集装箱吞吐量为世界第一，货物吞吐量世界第二。
2013年
2013年上海港货物吞吐量完成7.76亿吨，同比增长5.5%；集装箱吞吐量完成3361.7万标准箱，同比增长3.3%。全港货物吞吐量连创历史新高，集装箱吞吐量继续保持世界第一。
