（1）菌袋料面出现白色絮状气生菌丝
原因：①菌袋含水量偏低，保湿发菌阶段空气湿度不足；②搔菌后，催蕾室内二氧化碳浓度偏高，通风不足，延长了菌丝营养生长向生殖生长转化的时间。
对策：①调整培养基含水量；②提高保湿发菌阶段空气的相对湿度，防止气生菌丝生长过旺，形成菌膜。此外，还要做好催蕾阶段室内的保湿与通风工作。
（2）搔菌3天后不见料面菌丝恢复
原因：催蕾室小环境的空气过于流通，菌袋料面覆盖物未盖严。
对策：集中处理，用冷开水在2天内连续轻喷2～3次，使料面湿润，喷水10分钟后再覆盖，保持覆盖物与料面之间的空气有较高的湿度。
（3）菌袋料面呈黑色潮湿状
原因：①直接将生水喷洒于料面；②薄膜长时间覆盖料面，引起膜上的冷凝水回滴，导致菌丝萎缩，料面变黑。
对策：用灭过菌的小刀挖去发黑的培养料，重新保湿发菌。
（4）菇蕾变色枯死
原因：在诱导出菇阶段，料面的小水珠未能及时蒸发，使菇蕾原基被水珠淹没，窒息而死。
对策：待料面出现细小水珠时，逐渐加大室内的通风量，使这些小水珠尽快蒸发掉。水珠颜色呈淡黄色、清亮时为正常；若呈褐色、混浊时，则说明已被杂菌感染。
（5）原基密密麻麻
原因：主要是金针菇发育不同步导致。为抑制开伞，人们片面提高二氧化碳的浓度，过早地将菌袋翻折下的塑料薄膜拉起，或过早进行套袋，使大部分菇蕾因得不到足够的氧气而窒息。
对策：应根据不同的季节和不同的栽培环境，采取不同的通风办法。在抑制阶段要加大室内的通风量，让长得高的菇蕾发白；在春夏季节，雨天要加大室内空气的循环量，使其相对湿度保持在80%～85%，可用垂直升降式电风扇吹风，确保栽培架上每一层空气均能充分流动。
（6）出现菌盖相连，菇柄扁平的“连体菇”
原因：菇房内换气不充分，以及菌丝未达到生理成熟标准、培养基过干、菌种老化等。
对策：用简易二氧化碳测定仪检测菇房内子实体不同发育阶段二氧化碳的含量；在子实体发育过程中每日应受光2小时，分数次进行。
（7）菇蕾粗细不一
原因：幼蕾抑制失败。
对策：在催蕾过程中要经常疏蕾，将特别粗壮的菇蕾手工拔除。
（8）出现“水菇”
原因：菇房内空气相对湿度较高。
对策：尽可能地降低菇房内空气的湿度。用往复式垂直电风扇或摇头电风扇，加强空气对流。调整好进、排气量的比例，补进的新鲜空气应先预冷排湿，采收前2天加大空气对流量。
（9）菇蕾发育过程中开伞
原因：①菌种质量。若菌丝稀松，装料不紧，即使出菇，也易开伞；②栽培管理过程中温度、湿度、氧气和光照不协调。
对策：菌袋培养过程中要加强空气对流，防止发菌阶段产生的热量无法散失掉，同时检查培养料含水量是否低于50%或高于70%，并检查菌袋灭菌是否彻底、三级菌种是否受到污染。可将三级菌种和未接种的菌袋在无菌条件下接到PDA培养基内观察。