在生产实践中，经常出现因种种原因需要进行秧苗长途运输。在进行秧苗的长途运输中，主要需要注意以下一些问题。
（1）保护根系 根系是秧苗的主要器官，秧苗生长所需的所有矿质营养和水分主要是依靠根系吸收的。所以，保护根系非常重要。保护根系的主要措施有：
①必须进行营养钵育苗，禁止将秧苗直接假植于苗床地上。如果不得已将秧苗直接假植于床土上，则起苗时，秧苗必须带有营养土。
②装运秧苗前，可对营养钵适当浇水，但切不可浇水过量。因为，一般在进行秧苗长途运输时，营养钵是不会随苗带走的（除非是预约育苗或请别的单位代为育苗），如果浇水过多，则秧苗的运输过程中，根系反而会遭到更加严重的损伤。
③最好采用基质育苗（无土育苗）。因为，这种基质育苗非常适合小苗运输，而且是连同穴盘运输的，不仅运输方便，根系能得到较好的保护。
（2）运输条件和方法 运输工具目前一般是火车、汽车以及拖拉机等，从平稳角度看，火车最为合适，而拖拉机等小型运输工具虽然方便，但震动较大，不适合长途运输。所以，目前在秧苗的运输中，主要的运输工具是火车和汽车。
目前我国对秧苗运输的包装容器尚无形成固定的模式，各地在运输时一般采用塑料框、木箱、纸箱等，并以塑料框的使用效果较好。
在秧苗的运输过程中需要注意温度和湿度的控制，秧苗是一种活体，运输过程中会散发出热量，所以，在将秧苗放入容器时，不可用力挤压，否则更容易发热，甚至导致秧苗死亡。同时，水分不宜过多，因为过多的水分会加剧秧苗的呼吸，对秧苗造成更大的伤害。此外，在运输途中，应采取措施，不使秧苗日晒雨淋、风吹雨打。
（3）秧苗在到达目的地后，立即将秧苗从容器中取出，并置于阴凉、无风的场所。然后应及时定植，不能拖延（所以，在秧苗运输前，必须已经做好定植的一切准备）。如果当天无法全部定植，则应将秧苗斜放，并用湿沙固定。