灵活就业人员的档案处理流程：
1、如果是大学刚毕业的同学，还没有找到工作，可以暂时把自己的档案托管在学校,学校可以免费替毕业生保管档案，最长时间是两年。两年内如果找到工作需要及时回学校去把档案迁走，不然学校会把你的档案打回原籍。也可以直接把自己的档案转回户籍所在的人才市场，刚毕业的同学拿着报到证就能办理档案托管手续。
2、如果是已经参加工作又变为灵活就业人员的朋友的话，可以有以下三种选择。
（1）如果之前自己的档案本来就是放在户籍所在的人才市场的话，档案就不用变，直接继续放在户籍地的人才市场。
（2）如果自己是从从单位离职，而且之前的档案是放在单位的话。那么还需要把档案从单位转走，建议大家转到户籍所在地的人才市场。
（3）如果不想转回人才市场的话，也可以找一个第三方的档案代理机构来办理托管档案的手续。
灵活就业人员缴纳保险形成档案的过程:
1.个人携带身份证等有效证件去当地社保机构缴纳养老保险，要填写两份《参保登记表》，然后去相关科室建立个人档案，建立个人档案需要填写两份档案代存协议，填写灵活就业登记表。
2.工作人员会为灵活就业人员建立一个档案:其中包括《灵活就业人员登记表》和《参保登记表》以及个人身份证复印件。
3.工作人员会给参保人—张档案代存协议，如果想查询档案须携带这份协议来查询。
4.灵活就业人员的档案都会在当地参保的人社局。如果个人找到工作单位，可以开具《企业员工转移流动表》将个人的灵活就业档案转到单位，合成完整的档案。
法律依据：
《中华人民共和国档案法》
第一条 为了加强档案管理，规范档案收集、整理工作，有效保护和利用档案，提高档案信息化建设水平，推进国家治理体系和治理能力现代化，为中国特色社会主义事业服务，制定本法。
第二条 从事档案收集、整理、保护、利用及其监督管理活动，适用本法。本法所称档案，是指过去和现在的机关、团体、企业事业单位和其他组织以及个人从事经济、政治、文化、社会、生态文明、军事、外事、科技等方面活动直接形成的对国家和社会具有保存价值的各种文字、图表、声像等不同形式的历史记录。
第十四条 应当归档的材料，按照国家有关规定定期向本单位档案机构或者档案工作人员移交，集中管理，任何个人不得拒绝归档或者据为己有。国家规定不得归档的材料，禁止擅自归档。
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