新型隐球菌的病因学治疗也就是抗真菌治疗，其选用药物、用法和注意的问题是：
(1)两性霉素B：①是迄今药效最强的抗真菌药，成人首次用1～5mg/天，加人5%的葡萄糖液500ml中静滴注，6小时滴完；以后根据情况，每日增加剂量2～5mg，直至最大剂量1mg/(kg?d)，两性霉素B的用药总量为2000～3000mg；也可以经小脑延髓池、侧脑室或椎管内给药，以增加脑的局部或脑脊液中药物浓度；②但需注意该药不良反应较大，可以引起高热、寒战、血栓性静脉炎、头痛、恶心、呕吐、血压降低、低钾血症、氮质血症等，偶可出现心律失常、惊厥、白细胞或血小板减少，故应注意上述不良反应的防治；③该药可以与氟康唑或氟尿嘧啶联合应用，以减少其用量，从而减少其不良反应。
(2)氟康唑：①口服吸收良好，血及脑脊液中的浓度高，对隐球菌有特效，200～400mg，1/天口服，5～10天可达稳态血药浓度，疗程一般6～12月；②需注意对该药的不良反应如恶心、呕吐、腹痛、腹泻、胃肠胀气和皮疹等的防治。
(3)5-氟胞嘧啶：①和两性霉素B合用可以增加疗效并且减少耐药性，剂量50～150mg，分3～4次，1疗程为数周到数月；②注意其可能带来的恶心、厌食、白细胞和血小板减少、皮疹及肝肾功能损害等不良反应的防治。