免于起诉不一定有案底。
被检察院决定起诉的当事人是否会有案底要视具体情况而定，如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底，如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微而被不起诉的，仍会有本应的案底。
起诉是依法向法院提出诉讼，请求法院对特定案件进行审判的行为。刑事案件的起诉，在于请求法院通过审判对被告人定罪判刑，刑事附带民事诉讼的提起，在于请求法院通过审判追究被告人的经济赔偿责任。起诉必须是有起诉权的公民或法人依法向有管辖权的法院进行，在中国，刑事案件的起诉，主要是指人民检察院提起公诉，只有对告诉才处理和其他不需要进行侦查的轻微刑事案件，才由被害人或其法定代理人提起自诉，刑事附带民事诉讼的提起，可以是被害人及其法定代理人，也可以是人民检察院和受侵害的法人单位。
案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录，又称犯罪人员犯罪记录制度，在法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门与相关国家机关。
法律依据
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第十五条 有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
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