上海交通大学医学院附属第六人民医院，创建于1904年，拥有悠久的历史和卓越的医学成就。这里是中国超声医学的发源地，由周永昌教授等人在20世纪五十年代末开启。医院在断肢再植领域享有盛誉，1963年陈中伟教授等人成功实施了国际首例断肢再植手术，奠定了其在该领域的国际领先地位。
在科研方面，医院成就斐然。于仲嘉教授在1978年研发出“手或全手指再造技术”，荣获国家发明一等奖。林超鸿教授在1980年培养出我国首个胃癌细胞株，这些都是医院科研实力的体现。项坤三教授因在糖尿病基因研究领域的贡献，于2003年当选为中国工程院院士。
医院设有多个研究机构，如上海交通大学市六临床医学院、四肢显微外科研究所等，是上海交通大学、上海中医药大学及苏州大学的研究生教育基地，拥有丰富的博士和硕士培养点。作为全国医学进修基地，医院每年负责众多国家级继续医学教育项目，其骨外科、内分泌与代谢病学等学科是国家级重点学科，而四肢显微外科等是上海市重点学科。
医院设施完善，设有1466张核定床位，实际开放床位1650张，涵盖33个临床科室和9个医技科室。2007年的门急诊量和手术量都显示出医院的强劲服务能力。自1963年以来，医院获得各类科技成果169项，包括国家最高奖项。
医院致力于贯彻党的十七大精神，坚持公立医院的正确方向，深化改革，提升医疗质量和服务水平，以增强医院综合实力，为我国卫生事业的发展和人民健康作出重大贡献。
上海交通大学医学院附属瑞金医院建于1907年，原名广慈医院，是一所大型综合性教学三级甲等医院。上海交通大学医学院附属新华医院创建于1958年。通过新华人近五十年的励精图治，已成为一所学科门类齐全、具有专业特色，集医、教、研于一体的现代化综合性教学医院。上海交通大学医学院附属仁济医院建于1844年，是上海开埠后第一所西医医院，迄今已有164年的历史。上海交通大学医学院附属胸科医院（上海市胸科医院）是我国最早成立的以诊治心胸疾患为主的三级甲等专科医院。