相传唐高宗永徽年间即公元650年，怀川地带发生了大规模的瘟疫。药王孙思邈闻讯，迅速赶到这里查看疫情，并用这里的四大怀药配制屠苏酒，很快便遏止了瘟病的流行。孙思邈在当地长期的摸索中用采来的地黄、山药再加上其他四味草药配制成了一种丸药，用于补肾强身健体，据说这就是今天的六味地黄丸。这六味地黄丸具有极高的药效，且没毒副作用，所以常年可服用。药王的徒弟们，人人学会了炮制方法，都会制这种丹药，并把它广传开来，很受世人欢迎，一直流传至今。药王孙思邈用四大怀药制屠苏酒的故事在当地县志有准确的记载，而关于六味地黄丸来源的说法只能归于野史。
要论起六味地黄丸的真实来源不能不提及宋代名医钱乙。公元1079年，钱乙被召到汴京，治好了太子病，受到了皇帝的重用和赏赐，顿时声名大噪，许多太医嫉妒，不服气。一天，钱乙及其弟子阎孝忠正在为患者治病，一位赵姓太医带了钱乙开的一个儿科方子来“讨教”。他略带嘲讽地问：“钱太医，按张仲景《金匮要略》八味丸，有地黄、山药、山茱萸、茯苓、泽泻、丹皮、附子、肉桂。你这方子好象少开了两味药，大概是遗忘了吧？”钱乙笑了笑说：“没有忘。张仲景这个方子，是给大人用的。小孩子稚阳之体，阳气旺盛，故减附子、肉桂辛热燥亢之品，制成六味地黄丸，免得孩子吃了过于暴热而流鼻血，你看对吗？ ”这位太医听了，连声道：“钱太医用药灵活，酌情变通，佩服佩服！”其弟子阎孝忠将之记载，后又编入《小儿药证直诀》，流传至今。
后来，明代中医有一派非常推崇“肾”的作用，认为肾是人的“先天之本”，一时间，很多名医倡导补肾，比如明代名医薛己最善补肾，他就主张，肾阴虚用六味地黄丸，肾阳虚用金匮地黄丸。薛己的实践为许多后世医家认可，他倡导的补肾观点对后世的影响非常大。名六味者，有二种意思：一是由熟地黄、山萸肉、山药等六味药组成；一是方中酸苦甘辛咸淡六味俱备。
钱乙制作六味地黄丸的初衷原不过是用于治疗小儿的“五迟”（即今人所说的小儿发育不良）之症，但是他远远没有想到，六味地黄丸会在以后日子发扬光大，成为滋补肝肾、养生保健的千年良药。从其流传年代的久远，惠及人群众多的效果来看，能出其左右者恐不多见。它是中医方剂里面知名度最高的一个方子，因此六味地黄丸是经典名中药。
六味地黄丸方中重用熟地，滋阴补肾，填精益髓为君药。山萸肉酸温补养肝肾，并能涩精；山药甘平补益脾阴，亦能固精，共为臣药。三药相配，滋养肝脾肾之阴而成“三补”。泽泻利湿泄浊，防熟地之滋腻恋邪；牡丹皮清泄相火，制山萸肉之温涩；茯苓淡渗脾湿，助山药之健运。三药渗湿浊，清虚热，平偏盛以治标而成为“三泻”，均为佐药。本方的配伍特点为：方用三补三泻，其中补药用量重于泻药，故以补为主；肝脾肾三阴并补，以补肾阴为主。六种药物如此配伍组方，形成了“三补三泻”、相反相成之势，使得六味地黄丸治疗肝肾阴虚之症，极为有效，并且补而不腻，很少出现一般滋补药品产生的“上火”现象。
究竟是出现了什么样的症状才可以使用六味地黄丸呢？主要是在肾阴虚的时候，服用效果最好。六味地黄丸主要是治疗那些肾阴虚的人，腰膝酸软，头晕目眩，耳鸣耳聋，盗汗，遗精，消渴，骨蒸潮热，手足心热，舌燥咽痛，牙齿动摇，足跟作痛，小便淋漓，以及小儿囱门不合，舌红少苔，脉沉细数。坚持服用六味地黄丸则一定能收到理想效果。
那么，如何判断是阴虚、还是阳虚呢？肾阴虚的典型症状是潮热、盗汗、手心和脚心烦热、口燥咽干，此外还有遗精、梦遗、早泄等。再要看舌头脉搏，舌头的状态是舌质红、舌苔薄。脉搏，肾阴虚的脉搏的特征是细数。肾阳虚的典型症状是腰膝酸软、不耐疲劳、经常觉得乏力、四肢发凉、喜热怕冷等。有些肾阳不足的人，也可能会出现勃起功能障碍、早泄、滑精等性功能问题。阴虚还是阳虚二者最显著的差别：阳虚怕冷，阴虚发热。
原方熟地黄八钱，山茱萸四钱，干山药四钱，泽泻三钱，牡丹皮三钱，白获苓三钱。上为未，炼蜜丸如梧子大，空心温水化下三圆。现代参考用量及用法：熟地黄24g，干山药12g，山茱萸12g，泽泻9g，获苓9g，丹皮9g。共研细末，炼蜜为丸，每次6～9g，每日2～3次，温开水或淡盐汤送服。也可水煎服，用量按原方比例酌减。本方煎服名六味地黄汤，作用强于六味地黄丸。
本方经变化可更适用各种不同疾病。本方加黄柏、知母名知柏地黄丸，治阴虚火动，骨痿髓枯，骨蒸潮热，虚烦盗汗腰脊疼痛，遗精等。加枸杞子、菊花，滋肾养肝明目，治疗肝肾阴虚证，两目昏花，视物模糊，或眼睛干涩，迎风流泪等。本方加上麦冬、五味子为麦味地黄丸（原名八仙长寿丸）能滋补肺肾，主治肺肾阴虚，或喘或咳者。本方加五味子为都气丸，能滋肾纳气，主治劳嗽肾虚气喘，或呃逆之证。上述四方均为六味地黄丸加味而成，均具有滋阴补肾的作用。其中知柏地黄丸偏于滋阴降火；杞菊地黄丸偏于养肝明目；麦味地黄丸偏于滋肾敛肺；都气丸偏于滋肾纳气。
本方加肉桂名七味地黄丸，引无根之火，降而归元。本方加附子、肉桂，名桂附八味丸，治相火不足，虚赢少气。本方加杜仲（姜炒）、牛膝（酒洗）治肾虚腰膝酸痛。本方去泽泻，加益智仁，治小便频数。本方用熟地二两、山药、山茱、丹皮、归尾、五味、柴胡、茯神、泽泻，蜜丸，朱砂为衣，名益阴肾气丸，治肾虚目昏。
临床使用能够治疗哪些疾病呢？六味地黄丸有补阴方药之祖之誉，能滋阴补肾，对肾阴不足所致诸般虚症，均有良效。据统计，在各种文献报道中，六味地黄丸治疗的病症涉及137种。最常见的是用于治疗亚健康状态、提高免疫力、延缓衰老，所以很多人把它当作保健药品在长期服用。同时，作为治疗药品，它在高血压、糖尿病、更年期综合征等疾病的治疗和辅助治疗中也取得了良好的效果。治疗的疾病有：内科类：肺结核、支气管哮喘、原发性高血压、肾性高血压、慢性肾炎、前列腺疾病、肿瘤、白细胞减少证、血小板减少性紫癜、早期食管上皮细胞增生证、肾阴亏损性糖尿病、甲状腺机能亢进、神经衰弱以及老年性痴呆、顽固性失眠、一氧化碳中毒性精神病、手术后顽固性呃逆、萎软（格林巴里综合症）等见六味地黄丸症候者。外科类：骨结核、男子乳房发育、食道癌手术后复发、脱发、皮肤皲裂、小便不快等。妇科：更年期综合症、黄褐斑、功能性子宫出血等。儿科：小儿发育不良、抽动-秽语综合症等。眼科：中心性视网膜脉络膜炎、青光眼、老年性黄斑盘状变性、外伤性角膜溃疡、睫状体炎、慢性葡萄膜炎等。五官科：复发性口疮、慢性咽喉炎、慢性扁桃体炎、喉痹等。使用六味地黄丸还可增强化疗效果，辅助治疗肿瘤、癌症，减少化疗毒副反应。
但六味地黄丸并不是包治百病，那么，什么人不适合服用六味地黄丸呢？
第一，是有湿热的人，这种人舌苔厚，舌苔黄腻（不是在吸烟和饮橙汁后），胃肠里面胀闷，大便不成形，这些是体内有湿热的人的诊断指征，需要排除。
第二，阳虚的人，明显是阳虚（包括肾阳虚、脾阳虚）的人不宜服用。许多因肾阳不足引起的勃起功能障碍患者，还一味地服用六味地黄丸，病症就会“雪上加霜”。他们应该选择治疗肾阳虚的药物。
第三，脾胃功能弱的人，本方药性偏于滋腻，对于脾虚泄泻者慎用。中老人一般脾胃功能不强，服用更要谨慎。间断吃，影响不大；长期连续服用的话，就不可取了。必要时可以用砂仁一个，捣碎，泡开水，用这个水来冲服六味地黄丸，这样砂仁的芳香之气可以振奋脾胃，就化解掉了熟地的滞腻之性，同时砂仁还可以引药气归肾经，一举两得。
第四、健康人群，如果没有明显肾阴虚的症状，不适宜于自行长期服用。
第五、服用两周后如果效果不明显，可能是选药不对症，可以找一位中医大夫对身体的症状进行诊断，对症选药。如与六味地黄丸相同功效的知柏地黄丸，还能治疗火旺，如手心和脚心烦热、口燥咽干，舌尖红，有清热作用。
第六、有的药理研究者，把六味地黄丸相关成分提纯后进行动物实验，也引起动物中毒，不代表六味地黄丸有这样的副作用。六味地黄丸的毒性很低，远远低于我们生活中很多常见的调料。
第七、要使用地道药材。六味药材的选择地道不地道，对药效也是相当重要的，所谓“药材好、药才好”。比如同仁堂古方六味地黄丸要求使用出自河南的怀地黄和怀山药（四大怀药）。怀地黄则要求第一要大，第二要熟，只用三等以上的高品质原料，再将生地黄以黄酒泡透蒸熟，遵循古方“酒蒸酒制；而山萸肉除采用道地药材“杭萸”，含核量控制在1以内；丹皮只用安徽地产“凤丹皮”等。名方之所以有名有效就是从源头用好材制成。
另外《准绳-女科》卷四亦有六味地黄丸，组成：熟地黄4两，山茱萸肉2两，山药2两，牡丹皮1两5钱，白茯苓1两5钱，泽泻1两，香附米（童便浸3次，炒）1两，蕲艾叶（去筋，醋煮）5钱。主治妇人经事不调，即非受孕，纵使受之，亦不全美；肾经虚火致妊娠吐衄。上为末，炼蜜为丸，如梧桐子大。每服70丸，白沸汤送下。
有患者问，我近来总耳鸣，能吃六味地黄丸吗？六味地黄丸是非处方药吗？可以药店购买吗？耳鸣的原因很多，只有肾阴虚的效果才好，再者，肾阴虚耳鸣，可以应用耳聋左慈丸（六味地黄丸加灵磁石）更对症。六味地黄丸是非处方药，可以药店购买，但不能乱服。
有患者问，因为糖尿病，医生给我开了六味地黄丸，但我还要服西药降糖药，六味地黄丸能和降糖药一起吃吗？可以，但要分开吃，隔一个小时为佳。
有患者问，我是年近五十的女性，经常潮热汗出，吃了医生开的六味地黄丸，潮热症状好转，但又总上火，医生给换了知柏地黄丸，上火的症状就消失了，这是为什么呢？因为阴虚导致火旺太重了，采用六味地黄加知母黄柏，滋阴同时降火的力量就大大的增强了。比单用六味地黄丸效果要好得多。可见中医治病也要从细微处入手，才能取得好的效果，六味地黄丸实在是一个好方子，古代医家对其推崇备至，它在调整人体的功能方面的作用是非常突出的，但不能乱服，要走出盲目服用六味地黄丸的误区。希望它能够为各位的健康做出贡献。